| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,015,961 | A→T | 9.8% | intergenic (‑176/+58) | PP_5679 ← / ← PP_4421 | hypothetical protein/aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,015,961 | 0 | A | T | 9.8% | 234.7 / 13.2 | 82 | intergenic (‑176/+58) | PP_5679/PP_4421 | hypothetical protein/aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/36); new base T (4/4); total (42/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
ATGAATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAGAGGA > NC_002947/5015816‑5016109 | atgaATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTGTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTAGCTGATCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGCCATCGTCTTGGCGTTGCTTGTGATAGCGCT‑AC‑GAAAGAAAAAAGCCCCCCTCAAgtc > 1:1088872/1‑148 (MQ=255) tAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTAGATTGAGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAAACCGCCCTTAGGGGGGCt > 1:773236/1‑150 (MQ=255) aaGCCCGAACCGTTCTCCGGCGCGGGCTTTTATTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCTTTGTGAACTAATGACAGCGTTTTGGTTTTGATTGTGATAGAATT‑AA‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTTTAGGCGGGCtt < 2:773236/150‑1 (MQ=255) aGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTTTAGGCGGGCttt < 2:1455198/150‑2 (MQ=255) gCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGACCGCCTAAAGGCGGGCTTaa > 2:930568/1‑150 (MQ=255) cACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGTACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTAATTGTGATATCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGa < 1:738910/150‑1 (MQ=255) tcCGGCGCGCGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTACTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAACCCGCACAAACGCGGGCTTTACACGAAGCGGGTa > 1:2276533/1‑150 (MQ=255) cGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAAt > 1:908218/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGcc > 2:155610/1‑148 (MQ=255) ttGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGa > 2:2107651/1‑150 (MQ=255) tGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGAt < 1:930568/150‑1 (MQ=255) tGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑‑AAAAAAAAAAGCCCGCCTCGATGCGGGCTTAAAACGCAGCGGGTAATTGAGCTGGCATCCTTGCCAACGTTGATg > 1:636001/1‑150 (MQ=255) ggACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑ACAAAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGAt < 1:1434058/150‑1 (MQ=255) 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aaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTc < 1:795961/150‑1 (MQ=255) aaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGt < 2:1847155/150‑1 (MQ=255) aGCCCGCCTTTAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTg > 1:378175/1‑150 (MQ=255) gCCCGCCTTTAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATgg > 2:646169/1‑66 (MQ=39) gCCCGCCTTTAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATgg < 1:646169/66‑1 (MQ=39) ccGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACa > 1:525604/1‑150 (MQ=255) 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aaaGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAgagga < 2:1511326/150‑1 (MQ=255) | ATGAATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAGAGGA > NC_002947/5015816‑5016109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |