| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,039,701 | A→C | 8.8% | I284S (ATC→AGC) ‡ | PP_4446 ← | group II intron‑encoding maturase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,039,701 | 0 | A | C | 8.8% | 306.3 / 19.7 | 114 | I284S (ATC→AGC) ‡ | PP_4446 | group II intron‑encoding maturase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/58); new base C (6/4); total (52/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
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accCG‑TGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTgg > 1:355907/1‑139 (MQ=255) ccG‑TGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTg > 2:240489/1‑150 (MQ=255) cG‑TGTGAGCCGTTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGc < 2:1781846/150‑1 (MQ=255) tgtgAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGt > 1:367629/1‑150 (MQ=255) gtgAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGc < 1:1349836/147‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) catGAACCCATCTGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGt > 2:1357205/3‑150 (MQ=255) cTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTAttt < 2:2097783/99‑1 (MQ=255) cTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTAttt > 1:2097783/1‑99 (MQ=255) ttGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTc < 1:1782661/150‑1 (MQ=255) ttGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTc < 1:240489/150‑1 (MQ=255) atGAACCCATCTGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTc > 1:282302/2‑150 (MQ=255) atGAACCCATCTGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATATGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTc > 1:2298326/2‑150 (MQ=255) aaCCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTCaaa < 2:367629/150‑1 (MQ=255) aCCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCGTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTCAAAc < 1:2332923/150‑1 (MQ=255) ccAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGaa < 2:784645/141‑1 (MQ=255) ccAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGaa > 1:784645/1‑141 (MQ=255) aGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGc < 2:488605/43‑1 (MQ=255) aGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGc > 1:488605/1‑43 (MQ=255) aGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGcttctt > 1:1033999/1‑70 (MQ=255) aGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGcttctt < 2:1033999/70‑1 (MQ=255) aGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAg < 1:190631/136‑1 (MQ=255) aGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAg > 2:190631/1‑136 (MQ=255) | GATTACGCTGGCTACGACGTTTGAGGGCTTGCCGCCATAAACGGCAGACCGCCGAACGAAAACCACCCAGACGTGTCAGGTTTCCCGGCACCGCGTGGTAATTGAAGTAACCGCTCACCACCCG‑TGTGAGCCATTGCCCTTGAACCCAGATGGGTTCATGACGTCGGTGTTTCAGCTCATCCCGCATGGCCAGCAGCATCGCACGCATTCGCTTCTTGACCGTCAGTCGCAGTATTTGAAACCCACCGCTTCTGTTGGTACTACAACAGTGCGTGAAGCCCAGGAAGTCAAAC > NC_002947/5039552‑5039844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |