Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,115,762 | C→A | 6.1% | R24R (CGG→CGT) | PP_4500 ← | TrpH family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,115,762 | 0 | C | A | 6.1% | 419.7 / 9.2 | 130 | R24R (CGG→CGT) | PP_4500 | TrpH family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/55); new base A (4/4); total (71/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
ATGGTCGCGCCGCCCCACGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCTGCCATTGTGAAACAA > NC_002947/5115616‑5115909 | atggTCGCGCCGCCCCACGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCgg < 1:1517503/150‑1 (MQ=255) atggTCGCGCCGCCCCACGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCAACTCCAGTAAGCCTTCTAGGGTTGCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCgg > 1:1853109/1‑150 (MQ=255) tggTCGCGCCGCCCCACGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGGGCTCATGAGCACggg < 1:160179/150‑1 (MQ=255) tggTCGCGCCGCCCCACGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCGGGTTGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCCGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCggg > 1:419357/1‑150 (MQ=255) tCGCGCCGCCCCACGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCaa > 2:1621994/1‑150 (MQ=255) cgccgcCCCACGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGGGCTCATGAGCACggggtgcaa < 2:230513/150‑7 (MQ=255) gccCCACGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACTCCGTGCGCATGAGCCCGGTCAACCAGTAc > 2:126340/1‑150 (MQ=255) ccACGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAAc < 2:597049/141‑1 (MQ=255) ccACGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAAc > 1:597049/1‑141 (MQ=255) cGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAgg < 2:616851/150‑1 (MQ=255) aGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACa > 2:1669549/1‑150 (MQ=255) ggACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAg < 1:2014350/150‑1 (MQ=255) cAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGgc > 1:714588/1‑150 (MQ=255) cAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGgc < 2:714588/150‑1 (MQ=255) aGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGAc < 2:591181/144‑1 (MQ=255) cTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGTAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGcc > 2:230974/1‑150 (MQ=255) tCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCg > 2:198929/1‑150 (MQ=255) cACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGCAAGAGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTc > 1:151943/1‑150 (MQ=255) cACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGCTAAGTTACAACCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGCGACTGCGGCGCTAGTACCGGAGGGGACAGGGCGCCGTc > 1:419746/1‑150 (MQ=255) aCCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCg > 1:1506624/1‑150 (MQ=255) ccccGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGa < 2:102086/136‑1 (MQ=255) ccccGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGa > 1:102086/1‑136 (MQ=255) cccGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGa > 1:289744/1‑150 (MQ=255) cccGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGa > 1:829260/1‑150 (MQ=255) cccGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGa > 1:2083926/1‑150 (MQ=255) aCCTAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAAc > 1:235530/1‑113 (MQ=255) ccAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTTCACCCCGGGCTCATGAGCACggggt > 2:1481646/1‑107 (MQ=255) cAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTTTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGGCAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCtg > 1:1036023/1‑150 (MQ=255) cAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACa < 1:516578/127‑1 (MQ=255) 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ccTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATag < 1:1679501/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATaga > 1:2082403/1‑150 (MQ=255) ttCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCtt > 1:1540152/1‑150 (MQ=255) ttCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCtt > 2:1320185/1‑150 (MQ=255) ttCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGCCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCGCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAgc < 2:448399/146‑1 (MQ=255) 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cAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATccc > 1:2255354/1‑150 (MQ=255) aGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTg < 2:1837658/72‑1 (MQ=255) aGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTg > 1:1837658/1‑72 (MQ=255) gcgcTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATaga > 1:626311/1‑100 (MQ=255) tGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTg < 1:503238/150‑1 (MQ=255) gCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTgg < 2:419746/150‑1 (MQ=255) cACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGc > 2:896565/1‑150 (MQ=255) aCCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAATCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGGTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCt > 1:352868/1‑150 (MQ=255) ccccGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGAt < 1:187477/109‑1 (MQ=255) ccccGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGAt > 2:187477/1‑109 (MQ=255) cccGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCTGc > 2:2110572/1‑150 (MQ=255) ccgggCTCATGAGCACGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTca < 1:1405021/127‑1 (MQ=255) ccGGGCTCATGAGCACGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCtgt > 1:1596255/1‑64 (MQ=39) ccGGGCTCATGAGCACGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTca > 2:1405021/1‑131 (MQ=255) ccGGGCTCATGAGCACGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCTGcc > 2:320542/1‑150 (MQ=255) tGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCTGCCAtt < 1:1281585/150‑1 (MQ=255) cTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCTGCCATtgt < 2:829260/150‑1 (MQ=255) aTGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGAtgttt < 2:2335774/108‑1 (MQ=255) aTGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGAtgttt > 1:2335774/1‑108 (MQ=255) aTGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCTGCCATTGTGaa > 2:360520/1‑150 (MQ=255) aTGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCTGCCATTGTGaa > 2:419035/1‑150 (MQ=255) tGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCTGCCATTGTGaaa > 2:303959/1‑150 (MQ=255) gCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCTGCCATTGTGAAACaa < 1:896565/150‑1 (MQ=255) gCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCTGCCATTGTGAAACaa < 1:2110572/150‑1 (MQ=255) cccGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCt < 1:1203830/90‑1 (MQ=255) | ATGGTCGCGCCGCCCCACGTGCAGGACAGCTCCACCCCGCTGACCCAGCGCATACCCAGGTCAACGCAGGCCTGGCGCGCTTCGGGCAGGCCTTCGAGGGTGTCATGGTCGGTCAGTGCCAGCGCTTGCACCCCGTGCTCATGAGCCCGGGCAACCAGTACCGAAGGCGACAGGGCGCCGTCGGAGGCCGTGCTGTGACAGTGCAGATCAACATTCATAGAGGAGCGCTTTCGCTGGATTCGATGTTTGTTATTATGCCGTCACATCCCGATTCTGGCTGCCATTGTGAAACAA > NC_002947/5115616‑5115909 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |