| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,183,216 | T→G | 5.6% | H189P (CAC→CCC) | PP_4563 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,183,216 | 0 | T | G | 5.6% | 265.0 / 6.2 | 89 | H189P (CAC→CCC) | PP_4563 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/40); new base G (2/3); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
TCTTGTCGCACACCCCCAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTGTAGTCGGCCGGGGTGACA > NC_002947/5183067‑5183365 | tctTGTCGCACACCCCCAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGt > 1:592510/1‑150 (MQ=255)tctTGTCGCACACCCCCAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGt < 2:901842/150‑1 (MQ=255)tctTGTCGCACACCCCCAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGt < 2:1248168/150‑1 (MQ=255)tctTGTCGCACACCCCCAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGt < 2:1527496/150‑1 (MQ=255)tctTGTCGCACACCCCCAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAAACTTTCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGt > 2:571744/1‑150 (MQ=255) gTCGCACACCCCCAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGCAGCGCGTCTCTTGCAt < 2:599820/150‑1 (MQ=255) tCGCACACCCCCAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGCGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATg > 1:1329261/1‑150 (MQ=255) ccAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGGGCATGCACGAgaagg < 2:420848/150‑5 (MQ=255) ccAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGGGCATGCACGAgaag < 1:1342657/149‑4 (MQ=255) ccAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGGGCATGCACGAgaag > 2:1342657/1‑146 (MQ=255) cccGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCCGGGTGTCAGCCCGGGAGGCGGCTACCGGCTGCAGTCTCAACGAAATCGTTCCGTCCGGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACtt > 2:1478728/1‑150 (MQ=255) cccGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACtt > 2:447653/1‑150 (MQ=255) cccGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACtt > 2:1409688/1‑150 (MQ=255) cccGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACtt > 2:1754399/1‑150 (MQ=255) ccGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTg > 1:835660/1‑150 (MQ=255) cGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGa > 1:1148387/1‑150 (MQ=255) ccTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGCGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAac < 2:1329261/150‑1 (MQ=255) tCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACAcc < 1:1754399/150‑1 (MQ=255) ggCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTc < 1:1973126/150‑1 (MQ=255) gCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCg > 2:1864457/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGtt < 1:1827955/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGtt > 1:253317/1‑150 (MQ=255) cccAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCTGTCTCAGTGAAATCTTGCGGTCCGCGCGCACTCCCTTGCTGACCCCCTTCTCGTTCAAGCGCGAGCGCGAGAACTTGACCATCTCGtgc < 2:1483570/149‑3 (MQ=255) 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tGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGaa > 2:933376/1‑121 (MQ=255) tGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGc < 2:401366/150‑1 (MQ=255) tGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCACTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGaa < 1:933376/121‑1 (MQ=255) aTCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGaa > 1:690112/1‑125 (MQ=255) aTCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGaa < 2:690112/125‑1 (MQ=255) aTCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGccc < 2:666579/150‑1 (MQ=255) 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cTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGt > 1:446857/1‑74 (MQ=255) cTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGt < 2:446857/74‑1 (MQ=255) cTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCtt < 2:919094/150‑1 (MQ=255) cTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCtt > 1:248348/1‑150 (MQ=255) ttGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTg < 1:1312020/150‑1 (MQ=255) ttGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTg > 2:1113804/1‑150 (MQ=255) ttGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACAAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTg < 1:1915406/150‑1 (MQ=255) tgaAGCCCTGCTCGTGCAGGCCCGTGGGCAAGTGCTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCGCCGTGGCGCTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAACCGCATCGGCGTCTCGCGGGCCACCAGCCTGTCGACCGGCTGGCCTACCTTGTAGt > 2:681226/1‑150 (MQ=255) aaGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTGTAGTCg < 1:376917/150‑1 (MQ=255) aGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGAc > 1:1019359/1‑127 (MQ=255) aGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGAc < 2:1019359/127‑1 (MQ=255) aGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTGCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTGTAGTCgg > 2:1502045/1‑150 (MQ=255) gCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTGTAGTCGGc > 2:380021/1‑150 (MQ=255) ttCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTTGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTGTAGTCGGCCggg < 2:542740/150‑1 (MQ=255) ttCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTGTAGTCGGCCggg < 1:1113804/150‑1 (MQ=255) gctcGGGCATGCACGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTtg‑at < 1:344052/72‑1 (MQ=255) gctcGGGCATGCACGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTtg‑at > 2:344052/2‑73 (MQ=255) tcGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTGCAAGA‑AGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCCCCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTGTAGTCGGCCgggggg > 1:1740137/1‑148 (MQ=255) gTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTc < 1:322466/96‑1 (MQ=255) gTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTc > 2:322466/1‑96 (MQ=255) tGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTGTAGTCGGCCGGGGTGACa > 1:1287697/1‑150 (MQ=255) | TCTTGTCGCACACCCCCAACACCCCGCCTTCGGCTTCCAGGCGCGCCATGATCTGCTCTTGCAGGGTGTCCGCCAGGGCGGCGCCTACCGGCTGCAGGCTCAGTGAAATCTTGCCGTCCTGGCGCACTTCCTTGATGAAGCCCTTCTCGTGCATGCCCGAGCGCAAGAACTTGAACACCTCGTTCTTGTGGATCAGGCCCCAGTGGCGGTTGTTG‑ATGATGGCCTTGAAGCCCATCGGCGTTTCGCCGGCCACCAGCAGCTCGACCGGCTGGCCAACCTTGTAGTCGGCCGGGGTGACA > NC_002947/5183067‑5183365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |