| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,203,029 | C→A | 11.1% | L430M (CTG→ATG) ‡ | PP_4583 → | putative Peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,203,029 | 0 | C | A | 11.1% | 318.7 / 23.6 | 108 | L430M (CTG→ATG) ‡ | PP_4583 | putative Peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/43); new base A (7/5); total (60/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
AAGCGCTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCTTT > NC_002947/5202883‑5203175 | aaGCGCTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTgg > 1:1841754/1‑150 (MQ=255)aaGCGCTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGAGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTgg > 2:2140950/1‑150 (MQ=255) aGCGCTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGt < 1:801891/150‑1 (MQ=255) gcTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCACCCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGcc < 2:1841754/150‑1 (MQ=255) cTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCg > 1:2065643/1‑150 (MQ=255) tCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGa > 2:614335/1‑150 (MQ=255) tCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGa < 1:789897/150‑1 (MQ=255) tCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGa > 2:253427/1‑150 (MQ=255) tCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGa > 2:214290/1‑150 (MQ=255) tCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCAGGGTGCCgt < 1:1378776/150‑2 (MQ=255) cccGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTg < 2:193739/139‑1 (MQ=255) cccGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTg > 1:193739/1‑139 (MQ=255) cccGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCt < 2:565492/150‑1 (MQ=255) cccGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCt < 2:2065643/150‑1 (MQ=255) cccGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCAGGGTGCCgtc > 1:1303383/1‑142 (MQ=255) cccGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCAGGGTGCCgtc < 2:1303383/144‑3 (MQ=255) cccAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTAc > 1:107834/1‑150 (MQ=255) ccAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTAcg > 1:339756/1‑150 (MQ=255) 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aaaCCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATg < 2:1085889/150‑1 (MQ=255) aCCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGc < 1:853649/90‑1 (MQ=255) aCCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGc > 2:853649/1‑90 (MQ=255) cccGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGc > 2:239681/1‑150 (MQ=255) cGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCt < 1:253427/150‑1 (MQ=255) gCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATgg < 1:2031675/150‑1 (MQ=255) 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ccTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCt > 2:435098/1‑120 (MQ=255) cTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGaaa > 2:1101065/1‑115 (MQ=255) cTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGaaa < 1:1101065/115‑1 (MQ=255) cTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGc > 1:2166739/1‑150 (MQ=255) gCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGAccc > 2:867096/1‑119 (MQ=255) gCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGAccc < 1:867096/119‑1 (MQ=255) gCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCctgctg < 1:1767728/150‑1 (MQ=255) ccGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCt > 2:1312301/1‑96 (MQ=255) ccGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCt < 1:1312301/96‑1 (MQ=255) gCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATgcgc < 1:1244654/130‑1 (MQ=255) gCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATgcgc > 2:1244654/1‑130 (MQ=255) ggctgatcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGcgcg > 2:241337/8‑150 (MQ=255) ctgatcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCgcggc > 2:1781630/6‑150 (MQ=255) atcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGaaa < 2:945928/95‑1 (MQ=255) atcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGaaa > 1:945928/3‑97 (MQ=255) atcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTtctc < 1:1460206/114‑1 (MQ=255) atcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTtctc > 2:1460206/3‑116 (MQ=255) atcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGAACTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTg > 1:418423/3‑150 (MQ=255) tcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATgg < 1:1421820/90‑1 (MQ=255) tcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATgg > 2:1421820/2‑91 (MQ=255) ggCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGcc > 2:852860/1‑150 (MQ=255) ggCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGcc > 2:1635286/1‑150 (MQ=255) aCCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCttt > 1:1780790/1‑150 (MQ=255) aCCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCttt < 2:2355496/150‑1 (MQ=255) | AAGCGCTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGGGCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCTTT > NC_002947/5202883‑5203175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |