| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,208,731 | T→C | 5.6% | D9G (GAC→GGC) ‡ | PP_4589 ← | D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,208,731 | 0 | T | C | 5.6% | 378.3 / 8.3 | 124 | D9G (GAC→GGC) ‡ | PP_4589 | D‑isomer specific 2‑hydroxyacid dehydrogenase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/59); new base C (5/2); total (63/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CTTGGCGCAGCAGACTGGCCAGCAAGTCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAGGTTCTCCAGCACCTTGGTGA > NC_002947/5208582‑5208877 | cTTGGCGCAGCAGACTGGCCAGCAAGTCGCGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGt > 1:676477/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGCAGACTGGCCAGCAAGTCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCAt < 1:2193981/150‑1 (MQ=255) gcagACTGGCCAGCAAGTCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCACGGCGTATCGCGCCTGGTCCTGCTccg > 2:509127/1‑148 (MQ=255) cagACTGGCCAGCAAGTCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGc > 2:1465767/1‑150 (MQ=255) cagACTGGCCAGCAAGTCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGc > 2:226004/1‑150 (MQ=255) tGGCCAGCAAGTCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCa > 1:1436651/1‑150 (MQ=255) gCCAGCAAGTCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGt > 2:38973/1‑150 (MQ=255) gCCAGCAAGTCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGt > 2:2205439/1‑150 (MQ=255) cAGCAAGTCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTAc > 2:474711/1‑150 (MQ=255) gTCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCAt > 1:2019155/1‑150 (MQ=255) tCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATg < 1:251279/150‑1 (MQ=255) tCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAACGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATg > 1:1968572/1‑150 (MQ=255) cGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGt < 2:1436651/150‑1 (MQ=255) cGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGt < 1:474711/150‑1 (MQ=255) ggCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTc > 1:1677753/1‑150 (MQ=255) ggCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTc > 1:2311348/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACg > 1:313359/1‑150 (MQ=255) cccAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACgg > 2:1219518/1‑150 (MQ=255) ccAGCCACCCCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACggg < 1:694134/150‑1 (MQ=255) ccAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGAAGAGATTCTTCGCGGCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACggg < 2:676477/150‑1 (MQ=255) cAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACgggg > 1:121741/1‑150 (MQ=255) ccACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAATCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCg > 2:554839/1‑150 (MQ=255) cacaCCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGt > 1:1537059/1‑150 (MQ=255) acacCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGtt > 1:776433/1‑150 (MQ=255) acacCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGtt > 1:1765466/1‑150 (MQ=255) cacCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACgg < 1:1357605/142‑1 (MQ=255) ggCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTgcggcg < 2:776433/150‑1 (MQ=255) cTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCgcagc < 2:1419847/150‑1 (MQ=255) tGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCgcagca < 2:1917334/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCtt < 2:1266043/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTc < 2:550236/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCAAGTTGAGTCGTAGCTCCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCg < 2:63898/150‑1 (MQ=255) tGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCgg < 2:1320355/150‑1 (MQ=255) 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aaGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGTCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAgg < 1:803273/150‑1 (MQ=255) aaGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGacg < 2:1765466/150‑3 (MQ=255) gcggcgTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAg > 2:1313076/1‑145 (MQ=255) gcggcgTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAg < 1:1313076/145‑1 (MQ=255) gcgTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAGGTTCTCCa < 1:1465767/150‑1 (MQ=255) atcgctgAGCATGACCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAGGTTCTCCAg > 2:1381506/7‑150 (MQ=255) gctgAGCATGACCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAGGTTCTCCAGCAc > 2:249958/4‑150 (MQ=255) aTCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAg > 2:2156808/1‑138 (MQ=255) aTCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAg < 1:2156808/138‑1 (MQ=255) tCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGATGTTCTCCAGCAcc > 2:54021/1‑150 (MQ=255) tgAGCATGACCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAgg < 2:1614033/136‑1 (MQ=255) tgAGCATGACCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAgg > 1:1614033/2‑137 (MQ=255) tgAGCATGACCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGAGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAg > 1:147232/2‑136 (MQ=255) gAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCt > 1:648321/1‑80 (MQ=255) gAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAg > 2:328010/1‑114 (MQ=255) gAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAg < 1:328010/114‑1 (MQ=255) aGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAGGTTCTCCAGCACCTTg < 2:1985532/150‑1 (MQ=255) cATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAGGTTCTCCAGCACCTTGGt < 1:38973/150‑1 (MQ=255) aTGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAgg > 1:83018/1‑132 (MQ=255) aTGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAgg < 2:83018/132‑1 (MQ=255) aTGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAGGTTCTCCAGCACCTTGGTg > 2:1780838/1‑150 (MQ=255) aTGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAGGTTCTCCAGCACCTTGGTg < 1:837084/150‑1 (MQ=255) tGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGTAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAGGTTCTCCAGCACCTTGGTGa < 2:873613/150‑1 (MQ=255) tGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGTTATGCTTGGCGTTCGATGTTCGCCAGCACCTTGGTGa < 2:1480972/150‑1 (MQ=255) tCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCgg > 1:1178525/1‑63 (MQ=255) | CTTGGCGCAGCAGACTGGCCAGCAAGTCCGGCTGGCCCAGCCACACCGGGCACTGCGGTGCCTGGCGGGCCAGTTCGGCAGAGTCGCCGCTGGTCAGCACTTCCAGTTCTGGCGCGGCGGCGCGCAAAAGCGCGGCGTATCGAGCATGGTCATGCTCAGCGATCAGTACGCGCATGGTCAGACGGGGTCGTTGCGGCGCAGCAGCTCTTCGGGCAGGTGCTCGATGTACTCATCTTCCAGCGGCGGCATCTGCAGGTGGTAGCCTTGGCTTTCGAGGTTCTCCAGCACCTTGGTGA > NC_002947/5208582‑5208877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |