| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,227,327 | C→G | 6.7% | A594P (GCA→CCA) | PP_4606 ← | ferric siderophore receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,227,327 | 0 | C | G | 6.7% | 381.3 / 14.2 | 120 | A594P (GCA→CCA) | PP_4606 | ferric siderophore receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/56); new base G (4/4); total (60/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
ATTGCTGTAGACCGTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGAT > NC_002947/5227178‑5227474 | aTTGCTGTAGACCGTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGc < 2:906486/150‑1 (MQ=255)aTTGCTGTAGACCGTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGc < 2:1049795/150‑1 (MQ=255) gTAGACCGTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCTATTCCTTGAACGCCTCGGGTGCCACC‑ga < 2:356817/150‑1 (MQ=255) 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tCCCACGCCTTGCACTCCTCAGGTGCTACC‑TAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGa < 2:1123860/150‑1 (MQ=255) ccACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTc < 2:931265/70‑1 (MQ=255) ccACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAgg > 2:1939855/1‑150 (MQ=255) ccACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAgg > 2:1631114/1‑150 (MQ=255) gCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTAcc > 1:2020838/1‑150 (MQ=255) cTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATa > 2:1923741/1‑99 (MQ=255) cTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATa < 2:2174948/133‑1 (MQ=255) cTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATa > 1:2174948/1‑133 (MQ=255) cTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCa > 1:1279370/1‑150 (MQ=255) ttGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAg < 1:1887610/150‑1 (MQ=255) tcgactcctc‑GGTGGCACCTGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACgag > 2:7716/5‑104 (MQ=38) actcctc‑GGTGGCACCTGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTGGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAg > 2:1647740/2‑146 (MQ=255) ctcctcATGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCAGGCCAGCCGCGCGAGGGTCGAGTTGGGCTTGAACGATGCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTg < 1:1366443/150‑1 (MQ=255) ctcctcAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCg > 1:789390/1‑130 (MQ=255) tcctcggTGGCACCTGAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTgg > 1:2008457/6‑150 (MQ=255) cctcAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGc < 2:2242034/150‑1 (MQ=255) tcAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGATCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGc < 1:2224480/143‑1 (MQ=255) tcAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTg > 1:246122/1‑101 (MQ=255) tcAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTg < 2:246122/101‑1 (MQ=255) aGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTaaa < 2:1008792/116‑1 (MQ=255) aGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTaaa > 1:1008792/1‑116 (MQ=255) tGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGAt > 1:1862603/1‑150 (MQ=255) | ATTGCTGTAGACCGTCTCGCTTGTGACGGCGTCAAAGTTCGAGACCAGTACATTGCGCTTGGTGATATCGAACAATGCCAGGGTGCCTGTGATGCGGCCTGGCATGTCGAGCTTGGCGCCCAGCTCCCACGCCTTGCCCTCCTCAGGTGCCACC‑GAGGAGTCGAGCACGACATTGCCGGTCAGCGGCGCGATGGTCGAGTTGGGCTTGAACGACTCGCTGTAGCTGCCATAGAACGAGAGCTGGTCGTCGACTTTGTAAACGATACCGGCGTGAGGTACCCAGGCCTGGCCACTGAT > NC_002947/5227178‑5227474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |