| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,244,296 | G→C | 7.2% | R78R (CGC→CGG) | hmgA ← | homogentisate 1,2‑dioxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,244,296 | 0 | G | C | 7.2% | 392.0 / 16.4 | 125 | R78R (CGC→CGG) | hmgA | homogentisate 1,2‑dioxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/61); new base C (6/3); total (61/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGACAGCAGCTCGGCATACAGGCCATACGGGGCCTTCTGCGGGGAGTTCTGCCCAAC > NC_002947/5244147‑5244442 | ccAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAgg < 1:1650133/150‑1 (MQ=255)ccAGCCGGTTTTTCCCCGCCGGCGGTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAgg < 1:764032/150‑1 (MQ=255) cAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGgc < 1:558928/150‑1 (MQ=255) cAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGgc > 2:1778595/1‑150 (MQ=255) ccGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCt < 1:957626/150‑1 (MQ=255) cGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTc > 2:1977057/1‑150 (MQ=255) ggTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGCCTGGCGCGCCAGCCGCt < 2:944218/148‑1 (MQ=255) tttttCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGaa < 1:1778595/150‑1 (MQ=255) 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cTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGt > 2:1912665/1‑150 (MQ=255) cGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGACACCGGTTGCTTAAACTGAAAGCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGCGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTgggagat > 1:421408/1‑146 (MQ=255) cGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGACGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCa < 1:135966/150‑1 (MQ=255) cGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGACGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGCGTGCa > 2:135966/1‑150 (MQ=255) cGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAgg < 1:79361/150‑1 (MQ=255) 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gAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGACAGCAGCTCGGCATACAGGCCATACGGGGCCTTCTGCgg < 1:1000143/150‑1 (MQ=255) gccTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGACAGCAGCTCGGCATACAGGCCATACGGGGCCTTCTGCGGGGAg < 1:1262607/148‑1 (MQ=255) tGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATG‑TGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGACAGCAGCTCGGCATACAGGCCATACGGGGCCTTCTGCGGGGAGTTCt < 1:898946/150‑1 (MQ=255) cgcgcCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGACAGCAGCTCGGCATACAGGCCATACGGGGCCTTCTGCGGGGAGTTCTGc < 1:2067231/150‑1 (MQ=255) cgcccCAGGCGCTTTAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTAAGGGGTAGCCCGCTGCGGAACATGGTGAACGCCGTGCCCGTCAGCCGCTCGGCATACAGGCCATACGGGGCCTTCTGCGGGGAGTTCTGc < 1:1977057/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGGCGCTCTAAGCGCGGGAGCAAGGCAAAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGACAGCCGCTCGGCATACCTGCCATACGGGGCCTTCTGCGGGGAGTTCTGcc > 2:1136255/1‑150 (MQ=255) gcCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTATAGCCAGGTACGGCGCAGCACGCTCCGGCCCATGGTGAACGCCGTGCCCGACAGCAGCTCGGCATACAGGCCATACGGGGCCTTCTGCGGGGAGTTCTGCCCa < 1:1044654/150‑1 (MQ=255) gcCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGAca > 2:121213/1‑100 (MQ=255) gcCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGAca < 1:121213/100‑1 (MQ=255) cAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGACAGCAGCTCGGCATACAGGCCATACGGGGCCTTCTGCGGGGAGTTCTGCCCAAc < 2:828707/150‑1 (MQ=255) aGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGACAGCAGCTCGGCATACAGGCCATACGGGGCCTTCTGCGGGGa < 1:994641/137‑1 (MQ=255) aGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGACAGCAGCTCGGCATACAGGCCATACGGGGCCTTCTGCGGGGa > 2:994641/1‑137 (MQ=255) | CCAGCCGGTTTTTCCGCTCCGGCGTTGGCAGCCATGGGCAGCCAACCTTCGATGAAATCGGTCGGTTCAGCAGGAATCGGCTGCGGGCTCCAGCGCAGGCGGTTGGGGTTGATGCCACCCAGTGGCCCGCCGAGCGGCTGGCGCGCCAGGCGCTCGAAGCGTGGGTGCAAGGCAGAAGGGCGAATGCGGTACAGCCAGGTACGGCGCAGCTCGCTGCGGGCCATGGTGAACGCCGTGCCCGACAGCAGCTCGGCATACAGGCCATACGGGGCCTTCTGCGGGGAGTTCTGCCCAAC > NC_002947/5244147‑5244442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |