| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,287,894 | G→C | 7.8% | S158R (AGC→AGG) | PP_4660 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,287,894 | 0 | G | C | 7.8% | 313.3 / 11.0 | 100 | S158R (AGC→AGG) | PP_4660 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/51); new base C (2/6); total (43/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TGAGCGTGGCGTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTCGCCAATCCAGG > NC_002947/5287745‑5288039 | tGAGCGTGGCGTATTGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGAAGACAGTCGTGTGCTATTTCCTCGACCTGCCGTGCCGCGCCGAACTCACTCTGGGT‑GTTCGTACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAgg < 1:2349974/150‑1 (MQ=255)tGAGCGTGGCGTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAgg > 1:2160166/1‑150 (MQ=255)tGAGCGTGGCGTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGCACAATGGCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAgg < 1:2222219/150‑1 (MQ=255) cGTGGCGTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTgc < 2:2032967/150‑1 (MQ=255) gTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGt < 1:304142/150‑1 (MQ=255) gTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGt < 1:2047842/150‑1 (MQ=255) gTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGt < 2:2160166/150‑1 (MQ=255) gCGGCCAGTCATTGAGCGCCTCAGGCTGGCTGCAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCGGGTCCTCGGTCTGCCGTGGCGTGCCGTGAT‑GCTTACGGTGGGGCGGCGAAGACACCGCTGTTACTGGACTGCGACCGAGGCTGTGCGCGTGCa < 2:25252/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCTTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCAAGCACCTGCAGCGGACTGGAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGc > 1:770074/1‑150 (MQ=255) agcAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGc > 2:602943/3‑150 (MQ=255) cAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTg < 2:2017596/150‑1 (MQ=255) cAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTg < 2:1522794/150‑1 (MQ=255) aGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTgg > 2:2187582/1‑150 (MQ=255) gtgagtgaGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGa < 2:562947/150‑1 (MQ=255) gTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTggg < 1:1968663/150‑2 (MQ=255) gTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGCTGGGCCAGGGCCTCGATCTGCCGTGGCGTGACGTGTG‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTggg < 1:1968935/150‑2 (MQ=255) tGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTgggt < 1:1227608/150‑3 (MQ=255) aTTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTc < 1:299435/150‑1 (MQ=255) tGAGCGACTCAGGTTGGCTTAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCgg < 2:1118321/150‑1 (MQ=255) gAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGc < 2:2091346/150‑1 (MQ=255) aGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTgg > 2:1993427/1‑142 (MQ=255) aGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTgg < 1:1993427/142‑1 (MQ=255) gCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCa < 1:345012/150‑1 (MQ=255) gCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCa < 1:994755/150‑1 (MQ=255) cAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCtctc < 1:1194859/150‑1 (MQ=255) cAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCtctc < 2:1592162/150‑1 (MQ=255) aGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTcc > 2:2123749/1‑150 (MQ=255) ggTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAg > 1:2205437/1‑143 (MQ=255) ggTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAg < 2:2205437/143‑1 (MQ=255) gTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGa < 2:353968/150‑1 (MQ=255) ttGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGAt > 2:1016977/1‑150 (MQ=255) gagctcaacaccgacgacctgatcatcgacctgctggagcagagcactgatgtggcgatccgcatcggagagctggccgactccagCCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTg > 2:2111468‑M1/87‑127 (MQ=255) gagctcaacaccgacgacctgatcatcgacctgctggagcagagcactgatgtggcgatccgcatcggagagctggccgactccagCCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTg < 1:2111468‑M1/41‑1 (MQ=255) tGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGa > 1:1618192/1‑150 (MQ=255) gCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTGCTCGACCTGCCGTGGCGTGTGGTGCT‑GCTCCAGGGAGGCCGGGCTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGGGCGCGGGCAGGCTGGAGGCCGCCAGCTTTCCTATGCGGATCGc > 2:961565/1‑150 (MQ=255) gCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGc < 2:1670554/150‑1 (MQ=255) aGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGCTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCACGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCa < 1:2302075/150‑1 (MQ=255) gACAGTGGTTAGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCCCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAg > 2:355003/1‑150 (MQ=255) ggggTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGtgct > 2:1551672/3‑150 (MQ=255) gTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGtgctctg > 1:197579/1‑150 (MQ=255) atcgacctgctggagcagagcactgatgtggcgatccgcatcggagagctggccgactccagCCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGc < 2:622517‑M1/39‑1 (MQ=255) atcgacctgctggagcagagcactgatgtggcgatccgcatcggagagctggccgactccagCCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGc > 1:622517‑M1/63‑101 (MQ=255) ccAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCca > 1:2147829/1‑150 (MQ=255) ccAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTgg > 1:1847367/1‑102 (MQ=255) ccAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTgg < 2:1847367/102‑1 (MQ=255) cAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCg > 2:1225635/1‑106 (MQ=255) cAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCg < 1:1225635/106‑1 (MQ=255) aGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCcagc > 2:1604292/1‑150 (MQ=255) aGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCcagc > 2:380884/1‑150 (MQ=255) cTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTc > 1:1201254/1‑150 (MQ=255) cTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTc > 2:544463/1‑150 (MQ=255) gACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTTGTTCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCgat < 1:1140385/150‑1 (MQ=255) aCCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACAt > 1:1451215/1‑124 (MQ=255) aCCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACAt < 2:1451215/124‑1 (MQ=255) cTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCgatgat < 2:197579/150‑1 (MQ=255) cTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCgatgat > 1:1547591/1‑150 (MQ=255) tGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATc < 2:1201254/150‑1 (MQ=255) ccGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGATCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAg < 2:1419815/150‑1 (MQ=255) tGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCca > 2:2406450/1‑131 (MQ=255) tGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCca < 1:2406450/131‑1 (MQ=255) cgtgccgtgcT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGCCAACCACATCAATCCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGgtcgtc > 2:1470678/1‑150 (MQ=255) gtgccgtgcT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGtcgtcg > 1:2152744/1‑150 (MQ=255) ccgtgcT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGa < 2:2328837/77‑1 (MQ=255) ccgtgcT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGa > 1:2328837/1‑77 (MQ=255) gtgcT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGcc > 1:577325/1‑82 (MQ=255) gtgcT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGcc < 2:577325/82‑1 (MQ=255) tgct‑gcTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTg < 2:1547591/150‑1 (MQ=255) gct‑gctCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGa > 1:1676562/1‑150 (MQ=255) t‑gctCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGc < 1:602943/150‑1 (MQ=255) tCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTcc > 1:1610344/1‑150 (MQ=255) tCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTcc > 2:1782220/1‑150 (MQ=255) ccAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCa < 1:716808/150‑1 (MQ=255) cAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAg > 1:2134049/1‑150 (MQ=255) ggTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGtt < 2:807582/150‑1 (MQ=255) ggCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGAt < 2:2147829/150‑1 (MQ=255) gCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTg < 2:1816377/57‑1 (MQ=255) gCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTg > 1:1816377/1‑57 (MQ=255) ggACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCt < 1:544463/150‑1 (MQ=255) gCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTAc > 1:2248587/1‑150 (MQ=255) ccAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACt < 1:1016977/150‑1 (MQ=255) ccAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACt > 1:2335742/1‑150 (MQ=255) cAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGtgctct > 1:970227/1‑89 (MQ=255) cAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTg < 1:355003/150‑1 (MQ=255) aGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAg < 2:219310/125‑1 (MQ=255) aGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAg > 1:219310/1‑125 (MQ=255) aGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTgg < 2:2152744/150‑1 (MQ=255) gCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTggc < 2:1676562/150‑1 (MQ=255) aCCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTggcgg < 2:557927/150‑1 (MQ=255) aCCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTggcgg < 1:980199/150‑1 (MQ=255) CTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTg < 2:1858119‑M1/40‑1 (MQ=255) CTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTg > 1:1858119‑M1/1‑40 (MQ=255) CTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGgtcg > 2:29938‑M1/1‑109 (MQ=255) CTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGgcggcg < 1:645158‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAgg < 2:588495‑M1/102‑1 (MQ=255) ACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAgg > 1:588495‑M1/1‑102 (MQ=255) cGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTc > 2:1166954/1‑150 (MQ=255) cGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTc > 2:808533/1‑150 (MQ=255) ggACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGcc < 1:1825022/63‑1 (MQ=255) cccAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTCGCCAATCCAg < 2:1618192/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTCGCCAATCCAgg < 2:770074/150‑1 (MQ=255) | TGAGCGTGGCGTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCT‑GCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTCGCCAATCCAGG > NC_002947/5287745‑5288039 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |