| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,287,904 | T→C | 8.1% | H155R (CAC→CGC) | PP_4660 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,287,904 | 0 | T | C | 8.1% | 288.9 / 10.9 | 99 | H155R (CAC→CGC) | PP_4660 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/50); new base C (2/6); total (43/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTCGCCAATCCAGGGCAGGATG > NC_002947/5287755‑5288047 | gTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGt < 1:304142/150‑1 (MQ=255)gTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGt < 1:2047842/150‑1 (MQ=255)gTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGt < 2:2160166/150‑1 (MQ=255) 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aGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTgg > 2:2187582/1‑150 (MQ=255) gtgagtgaGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGa < 2:562947/150‑1 (MQ=255) gTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTggg < 1:1968663/150‑2 (MQ=255) gTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGCTGGGCCAGGGCCTCGATCTGCCGTGGCGTGACGTGTGGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTggg < 1:1968935/150‑2 (MQ=255) tGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTgggt < 1:1227608/150‑3 (MQ=255) aTTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTc < 1:299435/150‑1 (MQ=255) tGAGCGACTCAGGTTGGCTTAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCgg < 2:1118321/150‑1 (MQ=255) gAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGc < 2:2091346/150‑1 (MQ=255) aGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTgg > 2:1993427/1‑142 (MQ=255) aGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGCCTGCACGCGCGCAGCCTgg < 1:1993427/142‑1 (MQ=255) 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ccAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACt > 1:2335742/1‑150 (MQ=255) cAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGtgctct > 1:970227/1‑89 (MQ=255) cAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTg < 1:355003/150‑1 (MQ=255) aGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAg > 1:219310/1‑125 (MQ=255) aGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAg < 2:219310/125‑1 (MQ=255) aGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTgg < 2:2152744/150‑1 (MQ=255) gCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTggc < 2:1676562/150‑1 (MQ=255) aCCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTggcgg < 1:980199/150‑1 (MQ=255) aCCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTggcgg < 2:557927/150‑1 (MQ=255) CTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTg > 1:1858119‑M1/1‑40 (MQ=255) CTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTg < 2:1858119‑M1/40‑1 (MQ=255) CTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGgtcg < 1:29938‑M1/109‑1 (MQ=255) CTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGgtcg > 2:29938‑M1/1‑109 (MQ=255) CTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGgcggcg < 1:645158‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAgg > 1:588495‑M1/1‑102 (MQ=255) ACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAgg < 2:588495‑M1/102‑1 (MQ=255) cGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTc > 2:1166954/1‑150 (MQ=255) cGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTc > 2:808533/1‑150 (MQ=255) ggACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGcc < 1:1825022/63‑1 (MQ=255) ggACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGcc > 2:1825022/1‑63 (MQ=255) cccAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTCGCCAATCCAg < 2:1618192/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTCGCCAATCCAgg < 2:770074/150‑1 (MQ=255) cTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTCGCCAATCCAGGGCAgg < 1:1166954/150‑1 (MQ=255) gcgcgcGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTCGCCAATCCAGGGCAGGAt < 1:1551672/150‑1 (MQ=255) cgcgcgTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTCGCCAATCCAGGGCAGGATg < 1:2187582/150‑1 (MQ=255) | GTAGCGGCCAGTGATTGAGCGACTCAGGTTGGCTGAAGCCGAGCAGACAGTGGTTGGCCAGGTCCTCGACCTGCCGTGGCGTGCCGTGCTGCTCCAGGTAGGCCGGACTGGCCAGCACCTGCACCGGACTGCAACCCAGGCTGCGCGCGTGCAGGCTGGAGTCGGCCAGCTCTCCGATGCGGATCGCCACATCAGTGCTCTGCTCCAGCAGGTCGATGATCAGGTCGTCGGTGTTGAGCTCCAGTTCGATGCCTGGGTACTGGCGGCGGAACTCGCCAATCCAGGGCAGGATG > NC_002947/5287755‑5288047 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |