| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,324,917 | G→T | 6.1% | Q501H (CAG→CAT) | PP_4684 → | kinase‑like domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_002947 | 5,324,917 | 0 | G | T | 6.1% | 345.0 / 6.7 | 107 | Q501H (CAG→CAT) | PP_4684 | kinase‑like domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/53); new base T (3/4); total (50/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GCGGTCATCGCCAGTTGGCTGGAGCAGCGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTCCCAACG > NC_002947/5324771‑5325063 | gCGGTCATCGCCAGTTGGCTGGAGCAGCGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCt < 2:763833/150‑1 (MQ=255) tCGCCAGTTGGCTGGAGCAGCGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGgca > 2:2354552/1‑150 (MQ=255) gCCAGTTGGCTGGAGCAGCGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGgcagc < 2:1311327/150‑1 (MQ=255) 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gCTGGAGCAGCGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCATGCTGCCGGCAGCCTgggt < 2:742163/148‑3 (MQ=255) gCTGGAGCAGCGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCATGCTGCCGGCAGCCTgggt > 1:742163/1‑146 (MQ=255) cTGGAGCAGCGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAg < 1:1087129/150‑1 (MQ=255) tGGAGCAGCGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAgg > 1:764154/1‑150 (MQ=255) agcagcGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGa < 1:158398/150‑1 (MQ=255) gcagcGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTg > 2:2056377/1‑128 (MQ=255) gcagcGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTg < 1:2056377/128‑1 (MQ=255) gcagcGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGAt < 1:1444681/150‑1 (MQ=255) gcagcGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGAt > 1:1816667/1‑150 (MQ=255) cagcGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATc < 2:1816667/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCGGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCa < 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caGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCaaaaa < 1:1185298/150‑1 (MQ=255) cccGCGTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGc < 1:894490/150‑1 (MQ=255) gcgTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCata > 2:1389988/1‑150 (MQ=255) gATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTcc < 1:1686402/150‑1 (MQ=255) gATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTcc < 1:2151085/150‑1 (MQ=255) aTACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCt > 1:1225903/1‑83 (MQ=255) aTACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCt < 2:1225903/83‑1 (MQ=255) aTACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTccc > 1:2398832/1‑150 (MQ=255) tACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTcc > 2:1148255/1‑81 (MQ=255) tACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTcc < 1:1148255/81‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTc > 1:146563/1‑116 (MQ=255) aCCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTc < 2:146563/116‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTCCCaa < 2:1768269/150‑1 (MQ=255) cccAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTCCCAAc < 2:2191335/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATggg < 1:847934/98‑1 (MQ=255) ccAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATggg > 2:847934/1‑98 (MQ=255) ccAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTCCCAACg > 1:668702/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTCCCAACg > 1:752375/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTCCCAACg > 2:1862618/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTCCCaa > 2:157895/1‑147 (MQ=255) cAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTCCCaa < 1:157895/147‑1 (MQ=255) | GCGGTCATCGCCAGTTGGCTGGAGCAGCGCCAGGCCGAAAACAGCGACCCGTCGGATGCCACGCTGGAGGTGATCAAGGCTCAGCAGGCCAGCCGTGAGGCGCTGGATGCGCAGGAGCTGGTGCACAGCACCCGCGTCGATACCCAGGCTGCCGGCAGCATGGATCAGGTGATCGAGCAGATTCGCCAGCGGTTGCCTGGCCTGTAAGTTCGTCACCTTCCTGTGCCTGCCCGCCAATGGGCAGGCACAGGCCGCTCACCCTCCGATGGCAAAAAGCCGCATATTTCCCAACG > NC_002947/5324771‑5325063 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |