| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,344,528 | A→G | 6.0% | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,344,528 | 0 | A | G | 6.0% | 375.0 / 6.4 | 130 | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/59); new base G (5/3); total (68/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCC > NC_002947/5344379‑5344675 | ttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTAc > 2:1993945/1‑150 (MQ=255) ttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTAc < 2:753239/150‑1 (MQ=255) cAGCGCTTGGTCGGTGATCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCg > 1:83863/1‑150 (MQ=255) 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aaaCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAt > 2:829208/1‑150 (MQ=255) aaCCCT‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAAt < 1:2298430/102‑1 (MQ=255) acccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 2:1802206/8‑150 (MQ=25) aCCCG‑‑CCTACCAGGCACCGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 2:825415/1‑150 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 2:258716/1‑150 (MQ=255) cccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTAc < 1:1003356/126‑1 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ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc > 2:2118415/1‑144 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGCCCGGCCCAGATTG‑AACACCGCTCCCAGGTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCCTCCACGCTTACAAGAGCGGGACGACCCGCCATGTTc > 1:1075818/1‑150 (MQ=255) gctccTACGAGGTAACGCGTGGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATCGCTGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGa < 1:1042963/147‑1 (MQ=25) g‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGa < 1:2180511/150‑1 (MQ=255) ccTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAg < 1:14825/107‑1 (MQ=255) ccTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAg > 2:14825/1‑107 (MQ=255) tacgaGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc < 1:1802206/146‑1 (MQ=37) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc < 1:258716/150‑1 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:2312740/1‑150 (MQ=255) aGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATa < 1:1870428/91‑1 (MQ=255) cgcgTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAc < 1:1967816/150‑1 (MQ=255) ttACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGAACAACCGCCGTGTTGGATATCCGCAAATAccccc > 2:631751/1‑150 (MQ=255) | TTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCC > NC_002947/5344379‑5344675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |