Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,344,532 | C→G | 6.7% | intergenic (+59/‑119) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,344,532 | 0 | C | G | 6.7% | 409.9 / 11.9 | 131 | intergenic (+59/‑119) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (63/58); new base G (6/3); total (69/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGG > NC_002947/5344384‑5344678 | cAGCGCTTGGTCGGTGATCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCg > 1:83863/1‑150 (MQ=255) cAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCg > 2:553534/1‑150 (MQ=255) gcgcTTGGGCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGAGGAAACCAGATTTGGGGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTa < 2:83863/150‑1 (MQ=21) 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gCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTGTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTAcc < 2:1563741/150‑1 (MQ=255) gAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTGGGAGCGGGTTTAGCCGCGa > 2:1220133/1‑150 (MQ=255) gAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGa > 1:1879543/1‑150 (MQ=255) gACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAtga < 1:2408638/150‑1 (MQ=255) aCAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACATT‑‑CGGACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 1:1268556/150‑1 (MQ=39) 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ttCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTa > 1:2229131/1‑150 (MQ=255) ttCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAAAACGATAACACGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTa > 1:900032/1‑150 (MQ=39) ccGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGCGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACGCCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 1:2238/150‑1 (MQ=255) ccGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 1:2059560/150‑1 (MQ=255) ccGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 2:717029/150‑1 (MQ=255) ccGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGATTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 1:1646512/150‑1 (MQ=255) gcgGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCg < 1:638325/149‑1 (MQ=255) gcgGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCg > 2:638325/1‑149 (MQ=255) cGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGc < 1:570008/150‑1 (MQ=255) gcgGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCggg < 2:2308260/78‑1 (MQ=255) gcgGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCggg > 1:2308260/1‑78 (MQ=255) 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ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTAGCGCGTAGTAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCGTGACA‑CGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc < 1:1956294/150‑1 (MQ=38) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGt > 2:1262758/1‑89 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGt < 1:1262758/89‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc > 2:2118415/1‑144 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGcc < 1:2118415/144‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGCCCGGCCCAGATTG‑AACACCGCTCCCAGGTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCCTCCACGCTTACAAGAGCGGGACGACCCGCCATGTTc > 1:1075818/1‑150 (MQ=255) gctccTACGAGGTAACGCGTGGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATCGCTGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGa < 1:1042963/147‑1 (MQ=25) g‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGa < 1:2180511/150‑1 (MQ=255) ccTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAg < 1:14825/107‑1 (MQ=255) cTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGata > 2:1205135/1‑150 (MQ=255) tacgaGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc < 1:1802206/146‑1 (MQ=37) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc < 1:258716/150‑1 (MQ=255) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc < 1:1597018/150‑1 (MQ=255) cAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCg > 2:2312740/1‑150 (MQ=255) aGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATa > 2:1870428/1‑91 (MQ=255) ttACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAccccc > 1:836132/1‑150 (MQ=255) ttACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGAACAACCGCCGTGTTGGATATCCGCAAATAccccc > 2:631751/1‑150 (MQ=255) ccTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAgg > 1:1510840/1‑150 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc > 1:352421/1‑71 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATc < 2:352421/71‑1 (MQ=255) | CAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTG‑AACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGG > NC_002947/5344384‑5344678 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |