| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,389,430 | A→G | 5.4% | intergenic (+81/‑239) | dld2 → / → PP_4738 | D‑lactate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,389,430 | 0 | A | G | 5.4% | 316.5 / 3.3 | 104 | intergenic (+81/‑239) | dld2/PP_4738 | D‑lactate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/49); new base G (4/2); total (53/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CACAGCGGCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGT‑‑AAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAAT > NC_002947/5389281‑5389577 | cacaGCGGCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCcccaccca < 1:1608605/150‑1 (MQ=255) acaGCGGTATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCccacccac > 2:2296944/1‑150 (MQ=255) acaGCGGCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCccacccac > 2:247185/1‑150 (MQ=255) acaGCGGCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGATTAACCGCGCAGCCGCCAATACAGCGGGCCAATCCccgcccac > 2:2322153/1‑150 (MQ=255) acaGCGGCATCGACTACCACGGCCTAGTCTACCTGGTTATCTGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTGTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGACGGTCCTGCTGGCCAATCCccacccac < 1:738427/150‑1 (MQ=38) aGCGGCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTg > 2:1884242/1‑150 (MQ=255) cGGCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTc < 2:144826/150‑1 (MQ=255) cTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGt < 2:2207878/140‑1 (MQ=255) cTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGt > 1:2207878/1‑140 (MQ=255) tACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGAACAACGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGcc < 1:1140392/150‑1 (MQ=255) ccACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCAc < 1:2297957/141‑1 (MQ=255) ccACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGccac > 2:203500/1‑150 (MQ=255) cACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCa < 1:1299181/139‑1 (MQ=255) cACGACCTGGGCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCa > 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cACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 1:281428/150‑1 (MQ=255) cACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc < 2:271862/150‑1 (MQ=255) aCCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTTATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGTAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACg > 2:1299345/1‑150 (MQ=255) ccGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg < 1:819267/131‑1 (MQ=255) ccGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCgg > 2:819267/1‑131 (MQ=255) ccGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGCGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCACTCAAGCCAATCCCCACCCACTTTCCACCGCCGCCACCCACGCCGCAGAGGGTAACCCCTCTCCGACGCa > 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atatAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCa > 2:289022/1‑124 (MQ=255) atatAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCa < 1:289022/124‑1 (MQ=255) atatAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggtgg < 2:2246696/150‑1 (MQ=255) atatAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggtgg < 1:1579084/150‑1 (MQ=255) atatAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggtgg < 1:545622/150‑1 (MQ=255) ataGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCggtgggt < 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cAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGT‑‑AAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATcc > 2:1117361/1‑150 (MQ=255) aaTCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGT‑‑AAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATccc < 1:1074782/150‑1 (MQ=255) ccccACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGT‑‑AAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTAc < 2:250764/150‑1 (MQ=255) ccacccacTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGT‑‑AAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACtt > 2:813881/1‑150 (MQ=255) cacccacTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTAt < 1:238192/102‑1 (MQ=255) cacccacTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTAt > 2:238192/1‑102 (MQ=255) cacccacTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGT‑‑AAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTc > 2:2285233/1‑150 (MQ=255) acccacTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACTTTGCAAGGTGTACCAAG‑‑TTCCATTTGCCTTTTTAAAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCa < 1:656838/150‑1 (MQ=19) cccacTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGT‑‑AAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCaa < 1:203500/150‑1 (MQ=255) cccacTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGT‑‑AAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCaa < 2:760399/150‑1 (MQ=255) ccacTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGT‑‑AAACCCGCGAACACCGGCAACACCGGTGCCATCCCTACTTCAat < 1:1557818/150‑1 (MQ=255) | CACAGCGGCATCGACTACCACGGCCTGGTCTACCTGGTAGACCGCGTCACCCGGCCACGCAGCCTCTAACGCGTTGATATAGGTGGGGAGCGCTGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCCCCACCCACTGTCCACCGCAGCCACCACCGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGGTGCCCACACATCGGTGGGTGTACACAGCCCGCCGTATGCGCGGT‑‑AAACCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATCCCTACTTCAAT > NC_002947/5389281‑5389577 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |