Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,417,437 | A→G | 10.5% | S99P (TCG→CCG) | gudD ← | bifunctional D‑glucarate dehydratase/L‑idarate epimerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,417,437 | 0 | A | G | 10.5% | 309.7 / 19.6 | 114 | S99P (TCG→CCG) | gudD | bifunctional D‑glucarate dehydratase/L‑idarate epimerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (57/45); new base G (9/3); total (66/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CACCGCATCGCGTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGCC > NC_002947/5417288‑5417581 | ccccGCACCGCGTTGCTGGCCCTCCCACAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCG‑CCGa < 1:1136261/148‑1 (MQ=255) aCCGCATCGCGTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCG‑CCGAg > 2:374737/1‑150 (MQ=255) aCCGCATCGCGTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCG‑CCGAg > 2:1640014/1‑150 (MQ=255) 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gTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCggg > 2:47580/1‑150 (MQ=255) gAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCAc > 1:2259283/1‑150 (MQ=255) gAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCAc > 1:31192/1‑150 (MQ=255) gAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCAc > 2:2189747/1‑150 (MQ=255) aaGGTCTGCAGGCCGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACt > 2:1586770/1‑150 (MQ=255) gatccctcgACCCT‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGATCTTGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCTGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAg < 1:1138034/143‑1 (MQ=255) ccaaccGCGACTCG‑GCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGAACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGACTCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAg > 2:655650/5‑150 (MQ=255) caaccGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGAccacca > 2:1920734/4‑91 (MQ=255) caaccGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGAccacca < 1:1920734/88‑1 (MQ=255) aGGCCGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAgg < 1:75853/150‑1 (MQ=255) aGGCCGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATGGAGCACGCGGTGCTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAgg > 2:727458/1‑150 (MQ=255) ggCCGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGc < 1:426986/150‑1 (MQ=255) aaccGCGACTCG‑GCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGc > 1:2125296/3‑150 (MQ=255) accGCGACTCG‑GCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGcc > 2:1080500/2‑150 (MQ=255) ccGCGACTCG‑GCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCg > 2:1573769/1‑150 (MQ=255) ccGCGACTCG‑GCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCg > 1:1060327/1‑150 (MQ=255) cgcgACTCG‑GCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGa > 1:1055919/1‑69 (MQ=38) cgcgACTCG‑GCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGa < 2:1055919/69‑1 (MQ=38) cgcgACTCG‑GCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCt < 2:1914549/111‑1 (MQ=255) cgcgACTCG‑GCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCt > 1:1914549/1‑111 (MQ=255) cgcgACTCG‑GCGGGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCgg > 2:2406015/1‑150 (MQ=255) cgACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTa > 1:2210760/1‑150 (MQ=255) aCCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTAtt < 2:728599/150‑1 (MQ=255) ccg‑ctgAGTCGCGGGTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGc < 2:515750/150‑1 (MQ=255) ccg‑ccgAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGc > 1:765383/1‑150 (MQ=255) ccg‑ccgAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGc > 1:2271328/1‑150 (MQ=255) cg‑ccgAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGcc > 1:1077788/1‑150 (MQ=255) aGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCt < 1:2201673/63‑1 (MQ=255) | CACCGCATCGCGTTGCTGGCCCTCGCCCAGCAATGCTGCCATCGGCACATTCAGGTGCTGGCCGAGCAGGTCGAGCAACGCCGACTCGATGGCCGTTACCGCATGTACGGTAATGCGCAGGTCGAAGGTCTGCAGGCCGCGACCCG‑CCGAGTCGCGGTTGGCGAAGGTCTGGCGCATGGCATTGAGCACGCGCTGGTAATGGCCGATCGGCTGGCCGACCACCAGGCTGCGGGCGTCCTCCAGGGTCTGGCGAATCTTCTCGCCGCCGGGCACTTCGCCCAGGCCGGTATTGCC > NC_002947/5417288‑5417581 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |