| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,427,336 | T→A | 7.9% | D272V (GAC→GTC) | rhlE‑I ← | ATP‑dependent RNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,427,336 | 0 | T | A | 7.9% | 456.9 / 20.4 | 149 | D272V (GAC→GTC) | rhlE‑I | ATP‑dependent RNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/78); new base A (4/8); total (63/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GCAGGTCGAGGTTGACGACCAGCGGCAAGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTCCACAGGCACCAG > NC_002947/5427187‑5427484 | gCAGGTCGAGGTTGACGACCAGCGGCAAGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGt > 2:1080885/1‑150 (MQ=255)gCAGGTCGAGGTTGACGACCAGCGGCAAGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGt > 2:1322850/1‑150 (MQ=255) gTCGAGGTTGACGACCAGCGGCAAGTCATCGATATCCAGCCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTCGAGGGTGGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGc < 1:193321/150‑1 (MQ=255) 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aTCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTc < 1:778578/150‑1 (MQ=255) tCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTcc < 1:1080885/150‑1 (MQ=255) atatCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAg < 2:1758954/137‑1 (MQ=255) atatCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAg > 1:1758954/1‑137 (MQ=255) atatCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTccacc < 1:1154809/150‑1 (MQ=255) tatCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTccacca > 1:1243244/1‑150 (MQ=255) atCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAg < 2:131050/150‑1 (MQ=255) cAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGc > 2:1256460/1‑122 (MQ=255) cAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGc < 1:1256460/122‑1 (MQ=255) cAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTg > 2:612064/1‑150 (MQ=255) cAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTg > 2:2024095/1‑150 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cccACTGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTCAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGCGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATc < 1:255346/149‑1 (MQ=255) ccACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTccac > 1:1542984/1‑140 (MQ=255) cACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGATGTTGAACGCACGCTTGCGTGGTGCCTTTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGa > 1:2100580/1‑150 (MQ=255) aCGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGAc > 2:1918793/1‑150 (MQ=255) gggCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGc < 1:1713395/150‑1 (MQ=255) ccACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCt > 1:38342/1‑135 (MQ=255) acctCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCgg < 2:1019723/147‑1 (MQ=255) acaTCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCa > 1:2298200/1‑103 (MQ=255) acaTCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCgg > 2:1864684/1‑150 (MQ=255) acaTCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCgg < 1:1764955/150‑1 (MQ=255) gTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCACACGTCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTg > 1:1811836/1‑150 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cGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGcttctt > 2:2111191/1‑136 (MQ=255) cGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTCCACAGGCACCa > 1:1180443/1‑150 (MQ=255) cGTCGGCATGCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTCCACAGGCACCa < 2:1811836/150‑1 (MQ=255) gTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTCCACAGGCACCAg > 2:2209782/1‑150 (MQ=255) | GCAGGTCGAGGTTGACGACCAGCGGCAAGTCATCGATATCCAGGCCACGGGCCGCCACATCGGTCGCCACCAGCACTTGCACCTCACGGGCCTTGAAGCTGTCCAGCGCACGCTGGCGGGTTGCCTGTGGGCGGTCACCGTGGATGCCGTCGGCATTCACGCCTTCGGCCAGCAAGCGCTCCACCAGCTGATCGACGCCATTGCGGGTCTTGGCGAACACCAGCACCTGCTTCCAGCGCTGCTTGCGCAGCAGGTGGCAGAACAGGTCAGCCTTGCGCTTCTTGTCCACAGGCACCAG > NC_002947/5427187‑5427484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |