Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 476,700 | A→C | 7.9% | Q330P (CAG→CCG) ‡ | tsaD → | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 476,700 | 0 | A | C | 7.9% | 242.8 / 11.7 | 90 | Q330P (CAG→CCG) ‡ | tsaD | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/44); new base C (2/5); total (41/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.12e-01 |
GCGTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGGCAGCAG > NC_002947/476552‑476847 | gcgTGCCGGGAGGACATGTTCGGTAGTATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAg < 2:424414/150‑1 (MQ=255) gcgTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAg < 2:1941172/150‑1 (MQ=255) gcgTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAg < 1:1645198/150‑1 (MQ=255) 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aTCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTCTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGTTCATCACGGTCAGTACGCTGATc < 2:1735706/150‑1 (MQ=255) tCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACgatgat > 2:135434/1‑148 (MQ=255) tCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGAt < 1:135434/148‑1 (MQ=255) aGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGgc > 2:1134157/1‑150 (MQ=255) gTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGgcagc > 1:280241/1‑150 (MQ=255) tGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAATGTTCAGAAGTGCCGTTCGAGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGgcagca < 1:1968200/150‑1 (MQ=255) gCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGCTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGGcagcag < 1:1234980/150‑1 (MQ=255) | GCGTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGGCAGCAG > NC_002947/476552‑476847 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |