| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 476,701 | G→T | 8.2% | Q330H (CAG→CAT) ‡ | tsaD → | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 476,701 | 0 | G | T | 8.2% | 259.8 / 9.4 | 85 | Q330H (CAG→CAT) ‡ | tsaD | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/39); new base T (2/5); total (41/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
GCGTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGGCAGCAG > NC_002947/476552‑476847 | gcgTGCCGGGAGGACATGTTCGGTAGTATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAg < 2:424414/150‑1 (MQ=255)gcgTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAg < 2:1941172/150‑1 (MQ=255)gcgTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAg < 1:1645198/150‑1 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aTCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTCTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGTTCATCACGGTCAGTACGCTGATc < 2:1735706/150‑1 (MQ=255) tCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACgatgat > 2:135434/1‑148 (MQ=255) tCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGAt < 1:135434/148‑1 (MQ=255) aGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGgc > 2:1134157/1‑150 (MQ=255) gTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGgcagc > 1:280241/1‑150 (MQ=255) tGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAATGTTCAGAAGTGCCGTTCGAGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGgcagca < 1:1968200/150‑1 (MQ=255) gCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGCTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGGcagcag < 1:1234980/150‑1 (MQ=255) ggCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGatcatc > 1:2102452/1‑121 (MQ=255) ggCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGatcatc < 2:2102452/121‑1 (MQ=255) | GCGTCCCTGGAGGACATGCTCGGTAGCATCAAGGGCAACGTGTACTACGCGCGTCCGCAATTCTGTACCGACAATGGTGCGATGATCGCCTACGCCGGTTGCCAGCGCCTGCTGGCCGGGCAGCAGCAAGACCTGGCGATCAGCGTGCAGGCACGCTGGCCGATGGAACAGTTGCCGCCGCTGTAAGGTAGCGCGTCGAAGGTTCAGAAGTGCCGTTCGCGCCCTGCAAACAAGTCGCGCAGGTTGTTGCGGTGGCGCCACACGATCATCACTGTCAGTACGCTGATCGGCAGCAG > NC_002947/476552‑476847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |