| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,503,183 | C→A | 9.1% | L29M (CTG→ATG) ‡ | oprC → | copper receptor OprC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,503,183 | 0 | C | A | 9.1% | 375.4 / 19.4 | 121 | L29M (CTG→ATG) ‡ | oprC | copper receptor OprC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/50); new base A (4/7); total (64/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
ACAACATTTTGCGCACGAAGCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCC > NC_002947/5503034‑5503332 | ttttGCGCACGAAGCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGgccg < 2:1382080/150‑1 (MQ=255) ttttGCGCACGAAGCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTGTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCGGCCCGGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGgccg > 1:1331400/1‑150 (MQ=255) tttGCGCACGAAGCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGgccgc < 1:1438566/150‑1 (MQ=255) 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ttCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTTTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCAt > 2:49274/1‑150 (MQ=255) ttCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGAACAt < 2:409208/150‑1 (MQ=255) cgcgCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCAtgt > 2:166656/1‑150 (MQ=255) cgcgCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCACCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCAtgt < 2:1198101/150‑1 (MQ=255) gcgcTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCa > 1:582805/1‑137 (MQ=255) 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> 2:1194798/3‑150 (MQ=255) ccATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCGGCCAGTGCCGGCCAGCg > 2:2363400/1‑150 (MQ=255) cATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGa < 2:2113967/150‑1 (MQ=255) cccTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGCGCCGGCCAGcccccgcc > 2:1942012/1‑143 (MQ=255) ccTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCAAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGgcgc > 1:1502630/1‑150 (MQ=255) cTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCAc < 1:1637948/68‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCAc > 2:1637948/1‑68 (MQ=255) cTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGAT‑ACGGCTTGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGcc < 1:1731258/150‑1 (MQ=255) | ACAACATTTTGCGCACGAAGCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCC > NC_002947/5503034‑5503332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |