| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,503,196 | C→A | 8.7% | P33H (CCT→CAT) ‡ | oprC → | copper receptor OprC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,503,196 | 0 | C | A | 8.7% | 374.9 / 19.6 | 126 | P33H (CCT→CAT) ‡ | oprC | copper receptor OprC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/51); new base A (5/6); total (69/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
ACGAAGCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGACTACCTGAAGA > NC_002947/5503048‑5503345 | aCGAAGCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCt > 1:1887408/1‑150 (MQ=255) gCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCa > 2:1580964/1‑150 (MQ=255) ccAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCAt < 1:1944111/150‑1 (MQ=255) ggaggCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCAGGGCCGGCGGCCAGGGCCATggg < 1:35828/150‑3 (MQ=255) gaggCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAg > 2:1578153/1‑150 (MQ=255) gaggCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCAGGGCCGGCGGCCAGGGCCATgggc < 2:1386248/150‑4 (MQ=255) aggCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCACTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGa < 1:1000784/150‑1 (MQ=255) ttCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTTTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCAt > 2:49274/1‑150 (MQ=255) ttCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGAACAt < 2:409208/150‑1 (MQ=255) cgcgCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCAtgt > 2:166656/1‑150 (MQ=255) gcgcTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCa < 2:582805/137‑1 (MQ=255) gcgcTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCa > 1:582805/1‑137 (MQ=255) gcgcTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCAtgtg > 2:232487/1‑150 (MQ=255) gcgcTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCAtgtg > 2:1410157/1‑150 (MQ=255) cgcTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGc < 1:166656/150‑1 (MQ=255) aCTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCacgac < 2:1438523/150‑1 (MQ=255) gACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGAC‑CCTGCGTGGGGCCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCGCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCAccc > 1:1267048/1‑150 (MQ=255) gATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGt < 1:1849033/150‑1 (MQ=255) aTCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTTCACCTCTGTTTTTGCATTGCCAGCGGCAACGG‑CCATCGTCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCCTGGCCCTGGTCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGtt < 2:675599/150‑1 (MQ=255) gACTGGAGTCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAg > 2:706839/1‑150 (MQ=255) gACTGGAATCATTATGACCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAg < 2:848123/150‑1 (MQ=255) ggAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTg > 2:2384682/1‑109 (MQ=255) gAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGa > 2:1957140/1‑150 (MQ=255) aTCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACg > 2:334324/1‑150 (MQ=255) tCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACgg > 2:1313470/1‑150 (MQ=255) tCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACgg > 2:256628/1‑150 (MQ=255) aTTATGTACGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTg > 1:1656829/1‑150 (MQ=255) ttATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGa > 2:779799/1‑150 (MQ=255) tCCGGCTGCACCCATGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCAcc < 2:1331400/150‑1 (MQ=255) ccGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTg < 2:1799761/96‑1 (MQ=255) cGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCAGGGCCGGCGGCCAGGGCCATgg < 1:517453/102‑2 (MQ=37) gCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGccc > 2:1886251/1‑133 (MQ=255) gCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGccc < 1:1886251/133‑1 (MQ=255) gCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTgg < 1:1807022/150‑1 (MQ=255) 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ccccTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCAtgtg > 2:1347144/1‑104 (MQ=255) cccTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGaa > 1:170460/1‑94 (MQ=255) cccTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGaa < 2:170460/94‑1 (MQ=255) cccTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCAGGGCCGGCGGCCAGGGCCAt < 2:2327232/91‑1 (MQ=37) cccTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCAGGGCCGGCGGCCAGGGCCAt > 1:2327232/1‑91 (MQ=37) cTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGa > 1:1091630/1‑150 (MQ=255) cTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGa > 2:2090581/1‑150 (MQ=255) 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cgcCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCCCTTTCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCa < 1:1000400/150‑1 (MQ=255) ttcATGGCCAGGGCCGGCGGCCAGGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGc > 2:1194798/3‑150 (MQ=255) cccTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGCGCCGGCCAGcccccgcc > 2:1942012/1‑143 (MQ=255) cagggCCGGCGGCCAGGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGgcgc > 2:831791/4‑150 (MQ=255) cTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCAc < 1:1637948/68‑1 (MQ=255) cTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCAc > 2:1637948/1‑68 (MQ=255) cTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGAT‑ACGGCTTGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGcc < 1:1731258/150‑1 (MQ=255) tGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCAc > 2:2191718/1‑103 (MQ=255) tGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCAc < 1:2191718/103‑1 (MQ=255) cgccgGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGACTa > 1:1468246/1‑150 (MQ=255) gccgGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCTAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGACTAc < 2:185258/150‑1 (MQ=255) gccgGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGACTAc > 1:2156505/1‑150 (MQ=255) 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ACGAAGCCAGGAGGCTTCGCGCTAACTCATGACTGATCGACTGGAATCATTATGTCCGGCTGCACCCCTGTTTTTGCCTTGTC‑CCTGCGTGGGACCATCGCCGCCCTGTGCGGCTCGCTGCTCGCGCCCATGGCCCTGGCCGCCGGCCCTGGCCATGAAGACCATGTGCACGACGCACCCGAGTTGAGCCCGACGGTGATCACCGC‑CGTGGCCCCGAGTTCGCCGCTGACTGTGGTCACCAACCCGAAAGACCCGCGCCAGCCAGTGCCGGCCAGCGACGGCGCCGACTACCTGAAGA > NC_002947/5503048‑5503345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |