| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,511,756 | G→A | 5.8% | L140L (CTG→CTA) | urtC → | urea ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,511,756 | 0 | G | A | 5.8% | 306.3 / 6.6 | 104 | L140L (CTG→CTA) | urtC | urea ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/56); new base A (3/3); total (45/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CATGGGCATGTACCTGATGCGACAGGCCGCCGGCGACGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGTTCTTCCGCAACGAAACCGGCTTCGGCGGCAACAACGGCTTCACCAGCTT > NC_002947/5511609‑5511905 | aaTGGGCATGTACCTGATGCGACAGGCCGCCGGCGACGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGgctgct > 2:1298283/2‑150 (MQ=255) aTGTACCTGATGCGACAGGCCGCCGGCGACGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTg < 2:1273190/150‑1 (MQ=255) tACCTGATGCGACAGGCCGCCGGCGACGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCGGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGgtg > 1:918228/1‑150 (MQ=255) aTGCGACAGGCCGCCGGCGACGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGc < 1:1007015/150‑1 (MQ=255) aTGCGACAGGCCGCCGGCGACGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGc < 2:311191/150‑1 (MQ=255) tGCGACAGGCCGCCGGCGACGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTACTGGCGCTGGTGTTCGGCt > 1:577830/1‑150 (MQ=255) ggCCGCCGGCGACGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGc < 1:922798/150‑1 (MQ=255) ggCCGCCGGCGACGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGc < 1:189321/150‑1 (MQ=255) gccgccGGCGACGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGgt < 1:249950/134‑1 (MQ=255) aCGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCCCCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTcgc < 1:561898/150‑1 (MQ=255) ggCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGc < 2:1796652/137‑1 (MQ=255) ggCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGc > 1:1796652/1‑137 (MQ=255) gCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCAGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGa > 1:1327290/1‑150 (MQ=255) cTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCCCCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGAt < 2:148415/150‑1 (MQ=255) cTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGgcgc < 2:2311521/116‑1 (MQ=255) cTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGgcgc > 1:2311521/1‑116 (MQ=255) ccTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑Ag > 1:1390421/1‑150 (MQ=255) tGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGGTGGTTGGCCTTCCGATCGCGGATCA‑Aggg > 1:203009/1‑150 (MQ=255) tGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑Aggg > 1:1070706/1‑150 (MQ=255) gggTTCATGACCTTCCTGTCGTTGACCGGGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCGGGTGGTTCTGGCACTCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGc < 2:168686/150‑1 (MQ=255) gggTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGc < 2:919457/150‑1 (MQ=255) gggTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGc < 1:587283/150‑1 (MQ=255) gTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCgt < 2:1459441/150‑1 (MQ=255) tCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCgtgt < 1:1298283/150‑1 (MQ=255) gACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCtt < 1:967009/123‑1 (MQ=255) gACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTc < 2:332643/124‑1 (MQ=255) gACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTc > 1:332643/1‑124 (MQ=255) gACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTc < 1:1825967/129‑1 (MQ=255) gACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTc > 2:1825967/1‑129 (MQ=255) gACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACtt > 2:2237689/1‑150 (MQ=255) aCCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTtc < 1:926148/150‑1 (MQ=255) tCCTGTCGTGTACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGa < 1:967272/150‑1 (MQ=255) tCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGa < 1:853179/150‑1 (MQ=255) tGTCGTGGACTGGGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCa > 1:2133200/1‑150 (MQ=255) tGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCa > 2:2183686/1‑150 (MQ=255) gTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCCGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCAt < 1:314851/150‑1 (MQ=255) 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aGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCACACCGCCGTTATTGACTGCCGGTTTGTGCTGGCACCCGGCCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGccc < 1:540612/150‑1 (MQ=255) tGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACACGGGCTGTCGGTTTTTGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGa < 1:2097814/150‑1 (MQ=255) cTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACACAGGCCCTGACCtt < 2:507511/150‑1 (MQ=255) cTGGAACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTACTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTc > 2:868989/1‑97 (MQ=255) cTGGAACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTACTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTc < 1:868989/97‑1 (MQ=255) tGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCttt > 2:1424332/1‑150 (MQ=255) 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gtggtgCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGGTCGGCTCGTGCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCGGTTCTTCCGCATCAAAACCGGCTTcggcgga > 1:69939/1‑149 (MQ=255) gtgCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGTTCTTCCGCAACGAAACCGGCTTCGGCGGcaac > 2:677268/1‑150 (MQ=255) tGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGTTCTTCCGCAACGAAACCGGCTTCGGCGGCAACAACg > 2:2225985/1‑150 (MQ=255) gCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGTTCTTCCGCAACGAAACCGGCTTCGGCGGCAACAAAGGc < 1:1756199/150‑1 (MQ=255) aCCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGTTCTTCCGCAACGAAACCGGCTTCGGCGGCAACAACGGCtt > 1:483342/1‑150 (MQ=255) aCCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCACTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGGTCTTCCGCAACGAAACCGGCTTCGGCGACAACAACGGCtt > 1:446080/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGTTCTTCCGCAACGAAACCGGCTTCGGCGGCAACAACGGCTTCAc > 2:604604/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGTTCTTCCGCAACGAAACCGGCTTCGGCGGCAACAACGGCTTCAc < 1:604604/150‑1 (MQ=255) ggCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGTTCTTCCGCAACGAAACCg < 2:1987928/123‑1 (MQ=255) ggCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGTTCTTCCGCAACGAAACCg > 1:1987928/1‑123 (MQ=255) gctgGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGTTCTTCCGCAACGAAACCGGCTTCGGCGGCAACAACGGCTTCACCAGCtt > 1:218236/1‑150 (MQ=255) | CATGGGCATGTACCTGATGCGACAGGCCGCCGGCGACGGCTTGCCTGGGTTCATGACCTTCCTGTCGTGGACCGAGCTGCCCTGGTACTGGGCCGGTACCCAGCATTTCGCCTGGGCCCTGTGCCTGGTGGTGCTGGCACCCGGGCTGCTGGCGCTGGTGTTCGGCTGGTTCGCCTTCCGCTCGCGGATCA‑AGGGCGTGTACTTCTCGATCATGACCCAGGCCCTGACCTTTGCCGGCATGCTGCTGTTCTTCCGCAACGAAACCGGCTTCGGCGGCAACAACGGCTTCACCAGCTT > NC_002947/5511609‑5511905 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |