| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,583,579 | T→A | 5.7% | K735M (AAG→ATG) ‡ | parC ← | DNA topoisomerase IV subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,583,579 | 0 | T | A | 5.7% | 318.7 / 5.5 | 100 | K735M (AAG→ATG) ‡ | parC | DNA topoisomerase IV subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/43); new base A (2/4); total (53/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CCGCAAGGGGCATATCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACGGCTGGCCACC > NC_002947/5583430‑5583725 | ccGCAAGGGGCATATCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCt > 1:708856/1‑150 (MQ=255) cAAGGGGCATATCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCAGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTtgc < 1:544186/150‑1 (MQ=255) aaGGGGCATATCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTtgct < 2:1620616/150‑1 (MQ=255) gggCATATCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCGAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGcc > 1:819556/1‑150 (MQ=255) gCATACCACCCGAGAACTACCCGTTCGGCTCCAGCATTTCTGCGCGAACCGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATTGCGTCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCcgc < 2:819556/150‑1 (MQ=255) atatCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCgcgc > 2:1722204/1‑150 (MQ=255) atatCACCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGCGGCAGCAAGCTGCCacgc < 2:2221747/150‑1 (MQ=255) tatCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGcc > 1:371918/1‑150 (MQ=255) tatCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGcc < 2:371918/150‑1 (MQ=255) tatCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGCGGCAGCAAGCTGCCacgcg < 1:2228385/150‑2 (MQ=255) cgcgAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACcgcg < 2:829376/150‑1 (MQ=255) cgcgAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACcgcg > 1:1503497/1‑150 (MQ=255) cgcgAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACcgcg > 1:1543281/1‑150 (MQ=255) gcgAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCgcgc > 1:1278609/1‑150 (MQ=255) aCCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCtt < 2:1503497/150‑1 (MQ=255) gTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTa < 1:2129167/150‑1 (MQ=255) gTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGCGGCAGCAAGCTGccac < 2:2333277/128‑3 (MQ=255) gTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGCGGCAGCAAGCTGccac > 1:2333277/1‑126 (MQ=255) gTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCAGAATTGTAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTa > 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aTCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCCGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGt > 1:435974/1‑150 (MQ=255) cGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTaa < 1:175754/150‑1 (MQ=255) cGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTaa < 1:1487487/150‑1 (MQ=255) gACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAgg < 1:688172/115‑1 (MQ=255) gACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAgg > 2:688172/1‑115 (MQ=255) gcgcTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCAAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGGCTTCGGGAATAACGGCGAGATCGGTAACaaa > 1:2130947/1‑150 (MQ=255) cTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAAttc < 1:1995018/150‑1 (MQ=255) tGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAgg < 2:514917/108‑1 (MQ=255) tGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAgg > 1:514917/1‑108 (MQ=255) tGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAAttct > 1:1313372/1‑150 (MQ=255) ggAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCATGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAAttctt > 1:238812/1‑150 (MQ=255) tGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACgggtgac < 1:1688443/150‑6 (MQ=255) ggCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACGGCTGGcc > 2:2048044/1‑150 (MQ=255) gCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGGAATACAAGGTTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTACGCGGGTCTTCACGGCTGGCCa > 1:1329140/1‑150 (MQ=255) gCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACGGCTGGCCa > 1:546998/1‑150 (MQ=255) aacTTGCTGCCGCGCCGACCGCTCGCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTCCAAAACAAGGGTAGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGCTCGGTACCAAATTCTTCACGGCTGGGCAcc > 2:171654/3‑150 (MQ=255) aGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACGGCTGGCCAcc > 2:2206414/1‑150 (MQ=255) | CCGCAAGGGGCATATCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACGGCTGGCCACC > NC_002947/5583430‑5583725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |