Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,583,580 | T→A | 5.9% | K735* (AAG→TAG) ‡ | parC ← | DNA topoisomerase IV subunit A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,583,580 | 0 | T | A | 5.9% | 309.5 / 4.2 | 96 | K735* (AAG→TAG) ‡ | parC | DNA topoisomerase IV subunit A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/40); new base A (2/4); total (52/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAAGGGGCATATCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACGGCTGGCCACC > NC_002947/5583433‑5583725 | cAAGGGGCATATCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCAGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTtgc < 1:544186/150‑1 (MQ=255) aaGGGGCATATCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTtgct < 2:1620616/150‑1 (MQ=255) gggCATATCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCGAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGcc > 1:819556/1‑150 (MQ=255) gCATACCACCCGAGAACTACCCGTTCGGCTCCAGCATTTCTGCGCGAACCGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATTGCGTCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCcgc < 2:819556/150‑1 (MQ=255) atatCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCgcgc > 2:1722204/1‑150 (MQ=255) atatCACCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGCGGCAGCAAGCTGCCacgc < 2:2221747/150‑1 (MQ=255) tatCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGcc > 1:371918/1‑150 (MQ=255) tatCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGcc < 2:371918/150‑1 (MQ=255) tatCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGCGGCAGCAAGCTGCCacgcg < 1:2228385/150‑2 (MQ=255) cgcgAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACcgcg < 2:829376/150‑1 (MQ=255) cgcgAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACcgcg > 1:1543281/1‑150 (MQ=255) cgcgAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACcgcg > 1:1503497/1‑150 (MQ=255) gcgAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCgcgc > 1:1278609/1‑150 (MQ=255) aCCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCtt < 2:1503497/150‑1 (MQ=255) gTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTa < 1:2129167/150‑1 (MQ=255) gTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGCGGCAGCAAGCTGccac < 2:2333277/128‑3 (MQ=255) gTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGCGGCAGCAAGCTGccac > 1:2333277/1‑126 (MQ=255) gTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCAGAATTGTAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTa > 1:23750/1‑150 (MQ=255) gACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTTGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGc < 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gAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGccc > 1:1046383/1‑122 (MQ=255) gAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGccc < 2:1046383/122‑1 (MQ=255) gAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCa > 2:1163584/1‑150 (MQ=255) gAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCa < 2:316371/150‑1 (MQ=255) gCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACa < 1:691375/150‑1 (MQ=255) gCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACa < 2:1907648/150‑1 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tGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGt < 1:2397291/150‑1 (MQ=255) tGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGt < 2:1584986/150‑1 (MQ=255) aTTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGAcc < 2:648064/98‑1 (MQ=255) aTTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGAcc > 1:648064/1‑98 (MQ=255) aTTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGc > 1:638909/1‑150 (MQ=255) ttGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCt > 2:2016569/1‑150 (MQ=255) 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1:732539/1‑150 (MQ=255) ccGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAggg > 1:111886/1‑150 (MQ=255) ggTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAgg < 2:350424/99‑1 (MQ=255) ggTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAgg > 1:350424/1‑99 (MQ=255) ggTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTc < 1:2175281/150‑1 (MQ=255) ggTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTc > 2:2175281/1‑150 (MQ=255) tCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCtt > 1:164027/1‑150 (MQ=255) 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tCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATc < 2:732539/150‑1 (MQ=255) aCCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCt > 2:2268233/1‑118 (MQ=255) aCCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCt < 1:2268233/118‑1 (MQ=255) aCCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACg < 1:740766/150‑1 (MQ=255) aCCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACg < 2:1543281/150‑1 (MQ=255) tGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGcc > 2:42817/1‑150 (MQ=255) aTCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCCGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGt > 1:435974/1‑150 (MQ=255) cGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTaa < 1:1487487/150‑1 (MQ=255) cGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTaa < 1:175754/150‑1 (MQ=255) gACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAgg > 2:688172/1‑115 (MQ=255) gACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAgg < 1:688172/115‑1 (MQ=255) gcgcTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCAAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGGCTTCGGGAATAACGGCGAGATCGGTAACaaa > 1:2130947/1‑150 (MQ=255) cTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAAttc < 1:1995018/150‑1 (MQ=255) tGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAgg < 2:514917/108‑1 (MQ=255) tGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAgg > 1:514917/1‑108 (MQ=255) tGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAAttct > 1:1313372/1‑150 (MQ=255) ggAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCATGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAAttctt > 1:238812/1‑150 (MQ=255) tGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACgggtgac < 1:1688443/150‑6 (MQ=255) ggCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACGGCTGGcc > 2:2048044/1‑150 (MQ=255) gCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGGAATACAAGGTTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTACGCGGGTCTTCACGGCTGGCCa > 1:1329140/1‑150 (MQ=255) gCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACGGCTGGCCa > 1:546998/1‑150 (MQ=255) aacTTGCTGCCGCGCCGACCGCTCGCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTCCAAAACAAGGGTAGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGCTCGGTACCAAATTCTTCACGGCTGGGCAcc > 2:171654/3‑150 (MQ=255) aGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACGGCTGGCCAcc > 2:2206414/1‑150 (MQ=255) | CAAGGGGCATATCATCCGCGAAATAACCGTCCGACTCCAGCATTTCTGCCCGAAACGGCGTTGAAATTGCCGTTCCAGACATTACAACCGGTTATGTCGGCACTTCCACCTGCAACCCATCGACGCGCTGGAACCCGCGTGGCAGCTTGCTGCCGCGCCGACCGCGCTCGCCCTTGTAGTGCTCCAGGTCGTCCGCCTTCAAAGACAGGGTACGCTTGCCGGCCTGCAATACAAGGGTCGCGCCTTCGGGAATCACGGCCAGATCGGTAACAAATTCTTCACGGCTGGCCACC > NC_002947/5583433‑5583725 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |