| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,602,094 | A→G | 5.2% | V480A (GTC→GCC) | PP_4924 ← | subtilase family serine protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,602,094 | 0 | A | G | 5.2% | 342.1 / 4.4 | 117 | V480A (GTC→GCC) | PP_4924 | subtilase family serine protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/57); new base G (2/4); total (54/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTGG > NC_002947/5601945‑5602241 | gTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACTGCGCAAGTGCCTCGGGATATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGa < 1:1500703/150‑1 (MQ=255)gTAGAGTGCCACACTCCTAGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGa > 2:1419629/1‑150 (MQ=255) tAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGAc < 1:1564984/150‑1 (MQ=255) tGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACCGTGCAAGCGCTTCGGAAGATCTCCTCGGAGCTCAGACGCACCGCTCCGACCGGCTTGCCCTggg > 2:1232455/1‑149 (MQ=255) aCCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAg < 1:32220/150‑1 (MQ=255) aCCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAg > 2:52833/1‑150 (MQ=255) aCCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCAAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGGCCAGGTCGAg > 1:1936654/1‑150 (MQ=255) cctcctGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGCCCTGGcc < 2:1612221/145‑1 (MQ=255) cctcctGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGcc > 1:1612221/1‑145 (MQ=255) tcctGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTg > 1:355579/1‑150 (MQ=255) ccctGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCCCGGCCAGGTCGAGccgg < 2:2279208/149‑4 (MQ=255) tGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGGCCAGGTCGAGccggtag < 1:2356323/150‑7 (MQ=255) tGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATc < 1:107857/150‑1 (MQ=255) ggCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTg < 2:1779920/150‑1 (MQ=255) gCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTgg < 1:164643/150‑1 (MQ=255) gATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAAt < 2:1572008/150‑1 (MQ=255) aTCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATg < 1:1335547/150‑1 (MQ=255) cGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCa < 1:2229148/150‑1 (MQ=255) 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aCCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCAc < 1:100840/150‑1 (MQ=255) ccTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGGCCAGGTCGAGccg < 2:537062/108‑3 (MQ=255) ccTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGGCCAGGTCGAGccg > 1:537062/1‑106 (MQ=255) ccTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCAGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGa > 2:1032651/1‑110 (MQ=255) ccTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCAGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGa < 1:1032651/110‑1 (MQ=255) tCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCAt > 1:1843917/1‑123 (MQ=255) tCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCAt < 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(MQ=255) tACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAAc > 2:312482/1‑135 (MQ=255) tACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAAc < 1:312482/135‑1 (MQ=255) tACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATc < 1:2257085/150‑1 (MQ=255) aCCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCGATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCg > 1:562645/1‑150 (MQ=255) cGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCg < 1:1599745/148‑1 (MQ=255) cGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCATCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGc > 1:592997/1‑150 (MQ=255) cGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTgg < 1:292714/150‑1 (MQ=255) | GTAGAGTGCCACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTGG > NC_002947/5601945‑5602241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |