Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,602,100 | C→T | 5.0% | G478D (GGC→GAC) | PP_4924 ← | subtilase family serine protease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,602,100 | 0 | C | T | 5.0% | 356.9 / 4.1 | 118 | G478D (GGC→GAC) | PP_4924 | subtilase family serine protease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/60); new base T (2/4); total (54/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTGGCGTCAAC > NC_002947/5601954‑5602248 | cACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGa > 1:2042546/1‑150 (MQ=255) aCCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAg > 2:52833/1‑150 (MQ=255) aCCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAg < 1:32220/150‑1 (MQ=255) cctcctGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGCCCTGGcc < 2:1612221/145‑1 (MQ=255) cctcctGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGcc > 1:1612221/1‑145 (MQ=255) cctcctGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCt > 2:2229148/1‑150 (MQ=255) tcctGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTg > 1:355579/1‑150 (MQ=255) tGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGGCCAGGTCGAGccggtag < 1:2356323/150‑7 (MQ=255) tGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATc < 1:107857/150‑1 (MQ=255) tGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCAAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGGCCAGGTCGAGccggtag < 2:1936654/150‑7 (MQ=255) gCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTgg < 1:164643/150‑1 (MQ=255) gATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAAt < 2:1572008/150‑1 (MQ=255) aTCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATg < 1:1335547/150‑1 (MQ=255) cGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCa < 1:2229148/150‑1 (MQ=255) aTTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGTGCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATg > 2:467875/1‑150 (MQ=255) agcGATGGTATCGGCGAGAAACCTCACTGACAGTACTTCCCAGTCCTCAGCATTAACTGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGAGCTAGGTAGCCTGACGAACCTCTCCTACCGGCTCGCCGTGGCCGGGCTTGATCTGCCTAATGCCATGTTc < 2:364797/148‑1 (MQ=255) cGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCt < 1:1419629/150‑1 (MQ=255) cGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCt < 2:939430/150‑1 (MQ=255) gTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAAt < 2:449985/150‑1 (MQ=255) tCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGTCCGATCTTTATCTTGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGcc > 2:1111393/1‑150 (MQ=255) gCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCtt < 1:1781062/150‑1 (MQ=255) gCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCtt < 1:1239247/150‑1 (MQ=255) cGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTa < 1:300503/150‑1 (MQ=255) gaAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCATCTTGCAGGTCTGCTACCGGCTCGACCTTGCCGAGCTTGCTCTGCTTTTTGCTCGGCCCCGGCAATGCCCTTAGCt > 1:1252137/1‑150 (MQ=255) aCCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCAc < 1:100840/150‑1 (MQ=255) ccTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGGCCAGGTCGAGccg > 1:537062/1‑106 (MQ=255) ccTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGGCCAGGTCGAGccg < 2:537062/108‑3 (MQ=255) ccTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCAGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGa > 2:1032651/1‑110 (MQ=255) ccTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCAGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGa < 1:1032651/110‑1 (MQ=255) cTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAGAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCGGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCg > 1:2302926/1‑150 (MQ=255) cTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTg < 1:1421146/113‑1 (MQ=255) cTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTg > 2:1421146/1‑113 (MQ=255) cTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCg < 2:1196177/150‑1 (MQ=255) tCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCAt < 2:1843917/123‑1 (MQ=255) tCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCAt > 1:1843917/1‑123 (MQ=255) 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tAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGa < 2:132686/150‑1 (MQ=255) aCAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGAcc < 1:637714/150‑1 (MQ=255) aGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACTCCCGTCGTGGTTGCCATCGAc > 2:265921/1‑147 (MQ=255) aGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGAc < 1:265921/147‑1 (MQ=255) tGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATg < 2:255618/88‑1 (MQ=255) tGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATg > 1:255618/1‑88 (MQ=255) 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cTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCAt > 2:1464426/1‑150 (MQ=255) cTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCAACAGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCTACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCAt > 2:2079057/1‑150 (MQ=255) tACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAAc < 1:312482/135‑1 (MQ=255) tACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAAc > 2:312482/1‑135 (MQ=255) tACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATc < 1:2257085/150‑1 (MQ=255) aCCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCGATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCg > 1:562645/1‑150 (MQ=255) cGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCg > 2:1599745/1‑148 (MQ=255) cGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCg < 1:1599745/148‑1 (MQ=255) cGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCATCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGc > 1:592997/1‑150 (MQ=255) cGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTgg < 1:292714/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTGGCGTc < 1:1340439/150‑1 (MQ=255) ggCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTtg > 2:55889/1‑125 (MQ=255) ggCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTGGCGTCaa < 2:2212020/150‑1 (MQ=255) | CACCCTCCTGGGCCTCGATCCGATTACCGACGGTATCGGCGAGAAACCTCACCGCCAGTACTTCCCGGTCCTCACCATTAACAGTGAAAGCGCCTCGGGAAATGACCTCGTTACCCTGACGCACCTCTCCTACCGGCTCGACCTGGCCGAGCTTGATCTGGCTAATGCCATGCTCCTGCAATGCCCTTAGCTCACCGGCATCGGCACGCCCGTCGTGGTTGCCATCGACCCACACCTTCAATTGCGCCCAGACGGCGTCTTCAACGTTGATGACGCCATCGGCGTTGGCGTCAAC > NC_002947/5601954‑5602248 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |