| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,609,045 | G→C | 5.6% | R202G (CGC→GGC) | waaA ← | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic acid transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,609,045 | 0 | G | C | 5.6% | 275.9 / 7.1 | 89 | R202G (CGC→GGC) | waaA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic acid transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/41); new base C (3/2); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
ATCAAGGCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCA > NC_002947/5608897‑5609194 | aTCAAGGCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACgcgc < 1:1368626/150‑1 (MQ=255) ggCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAgg < 2:1324770/150‑1 (MQ=255) ggCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAACGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCACGCCGCACTTGATCGAGGCGGTGACTTGCCCGCGCTCAgg > 2:2084453/1‑150 (MQ=255) gCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAggg > 2:465966/1‑150 (MQ=255) gCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAggg > 2:2345641/1‑150 (MQ=255) aTCTTCACCGTCGTGGGGGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCGCCCAACTGTTCACGAAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTTGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGGCTGTCAAGCGCGCAGGGCg > 2:1187893/1‑150 (MQ=255) tCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGt < 1:465966/150‑1 (MQ=255) ttCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGc > 2:859747/1‑150 (MQ=255) cACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACgcgc < 1:650038/137‑1 (MQ=255) cACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACgcgc > 2:650038/1‑137 (MQ=255) gtcgtGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCCCAGGGCGTGCACCCAg < 2:1621501/150‑1 (MQ=255) gtGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGAAGATAACGTGCGCGCGCGCAGGGCGTTCACCCAGGTc > 2:633181/1‑150 (MQ=255) gTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACgg < 2:1062459/150‑1 (MQ=255) ccTGTCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAAATGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGaa < 2:1600123/149‑1 (MQ=255) cTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCAcc > 1:511465/1‑137 (MQ=255) cTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCAcc < 2:511465/137‑1 (MQ=255) cTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAg < 1:1159845/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAgc > 1:1858792/1‑150 (MQ=255) 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gggCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGACGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCg < 1:1751403/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCa > 2:75630/1‑107 (MQ=255) ggCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCa < 1:75630/107‑1 (MQ=255) cgcTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTc < 2:1858792/150‑1 (MQ=255) cgcTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTc < 1:395502/150‑1 (MQ=255) tGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGc < 1:1277708/150‑1 (MQ=255) 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aCTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAgcgc > 2:2266279/1‑150 (MQ=255) ggtGCACGCCCTGAGCGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAgcgcg > 2:1556193/3‑150 (MQ=255) ttGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAgcgcgc > 2:368622/1‑150 (MQ=255) ttGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAgcgcgc > 1:423731/1‑150 (MQ=255) tGCACGCCCTGAGCGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAgg < 2:1953618/72‑1 (MQ=38) tGCACGCCCTGAGCGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAgg > 1:1953618/1‑72 (MQ=38) tGCACGCCCTGAGCGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCa > 1:1773782/1‑85 (MQ=255) tGCACGCCCTGAGCGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCa < 2:1773782/85‑1 (MQ=255) gCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCAt > 2:1856905/1‑150 (MQ=255) aCGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCAc > 1:799296/1‑121 (MQ=255) aCGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCAc < 2:799296/121‑1 (MQ=255) aCGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTg > 2:215261/1‑150 (MQ=255) aCGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTg < 1:2345641/150‑1 (MQ=255) aCGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTg < 1:215261/150‑1 (MQ=255) aCGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTg > 2:1764571/1‑150 (MQ=255) gcgcTCAGGGCGTGCACGCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGCCTCATCTCAGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGc < 2:1203345/150‑1 (MQ=255) gcgcTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCt < 1:2047664/99‑1 (MQ=255) gcgcTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCt > 2:2047664/1‑99 (MQ=255) gcTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCa < 2:402715/150‑1 (MQ=255) gcTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCa < 1:1824881/150‑1 (MQ=255) | ATCAAGGCATCTTCACCGTCGTGGGTGCTGGCGGCAATCCACACAGGGCGCTGGCCGCCCCCCAACTGTTCACGCAATGCCCTCGCGCGTGGCAGCAGCTGTTCGTCGATGGTCAGGTCGAACTTGATCGAGCCGGTGACTTGCACGCGCTCAGGGCGTGCACCCAGGTCACGGAAGCGCTGGGCCTCGGTTTCGGTCTGCACGGCGATCAGGCTCATCTCGGCCAGCATCGGCCGGGTCAGCCTGGCAAAGCGCCCATAGCCACGGGCCGAGCGCTCAGACAAGCGCGCATTGGCCA > NC_002947/5608897‑5609194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |