| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,614,754 | A→C | 5.7% | I273M (ATT→ATG) | hldE ← | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,614,754 | 0 | A | C | 5.7% | 464.3 / 10.4 | 153 | I273M (ATT→ATG) | hldE | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/74); new base C (6/3); total (76/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
CCAGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCA‑CCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCCCAG > NC_002947/5614606‑5614903 | ccAGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCA‑CCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCaa > 2:503555/1‑150 (MQ=255) aGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCA‑CCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATg < 2:1404239/150‑1 (MQ=255) cgcgTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCA‑CCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCgg < 2:1685039/150‑1 (MQ=255) 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aaTGGCCGCGGCAAGGGTAAAAAAGACAGTACACCCGACGGCAGTCGCATCGAATACTTCGTTTGCTCTGGCAGGCAGGTGCAACGCCTGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCccag > 2:1481194/1‑150 (MQ=255) | CCAGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCA‑CCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCCCAG > NC_002947/5614606‑5614903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |