| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,614,757 | G→T | 5.4% | A272A (GCC→GCA) | hldE ← | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,614,757 | 0 | G | T | 5.4% | 478.1 / 10.4 | 151 | A272A (GCC→GCA) | hldE | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/69); new base T (5/3); total (77/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
AGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAGGCGCCCAG > NC_002947/5614608‑5614903 | aGCACGCCGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATg < 2:180043/150‑1 (MQ=255) gcgTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCATAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCCATTGCCGCggg < 2:905369/150‑2 (MQ=255) gcgTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTAGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGc < 1:115991/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |