| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,641,506 | C→G | 10.2% | S373C (TCC→TGC) | PP_4951 → | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,641,506 | 0 | C | G | 10.2% | 357.0 / 27.8 | 118 | S373C (TCC→TGC) | PP_4951 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/49); new base G (7/5); total (64/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CGCTGATCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTACT > NC_002947/5641359‑5641654 | cTGATCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATg < 2:1453461/150‑1 (MQ=255) gATCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCa < 1:405446/150‑1 (MQ=255) aTCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAg < 1:1673205/150‑1 (MQ=255) 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tCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACt > 2:901950/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTg < 1:1689596/150‑1 (MQ=255) atcgcAGTGAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTggg < 1:71307/123‑1 (MQ=255) atcgcAGTGAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTggg > 2:71307/3‑125 (MQ=255) gcgcAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTgg < 1:1959708/150‑1 (MQ=255) cAGTGAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGggc > 1:1319880/1‑149 (MQ=255) cAGTGAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGggc < 2:1319880/149‑1 (MQ=255) aGTGAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGggcgg > 1:2251166/1‑150 (MQ=255) aGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGggcgg < 2:919946/150‑1 (MQ=255) gTGAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGggcggc > 2:536040/1‑150 (MQ=255) gTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGggcggc < 2:525460/150‑1 (MQ=255) tGAACTGCATGGAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCt > 1:691436/1‑150 (MQ=255) gAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCtt < 1:1419406/150‑1 (MQ=255) aCTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTa < 2:581129/150‑1 (MQ=255) cTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGc > 2:1008539/1‑76 (MQ=255) cTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGc < 1:1008539/76‑1 (MQ=255) cTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTAc > 2:2396497/1‑150 (MQ=255) tCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGTGTTCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGACGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTACt > 1:1365064/1‑150 (MQ=255) tCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTACt < 1:1235757/150‑1 (MQ=255) | CGCTGATCGAACGGTTCGGCTATCGCATCATCCTCACCGGTAATACCTTGCTGTTGGGCATCCTGCTGGCAAGCCTGGGCCTGGTGGACGAGCAGACCCCTTATTGGCTGCTGTTGGTGCAACTTGGCCTTCTGGGCGCAGTGAACTCCATGCAGTTCACTGCGATGAACACAGTGACGCTCATCGATCTCGACGACGCCAGCGCCAGCAGCGGTAACAGCCTGCTGTCGGTGGTCGCGCAACTGTCGCTGAGCCTGGGTGTGGCCTGCGCCGGCGCACTGTTGGGCGGCTTTACT > NC_002947/5641359‑5641654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |