| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,658,180 | C→A | 5.1% | L62M (CTG→ATG) | sahR → | methionine metabolism transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,658,180 | 0 | C | A | 5.1% | 310.4 / 4.0 | 98 | L62M (CTG→ATG) | sahR | methionine metabolism transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/46); new base A (2/3); total (49/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
GCGAAACATTGGCAGCCCTGTGCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGTGCCCTGCCCGATGGCCTGCGCCTGGGTGGCCGGCTGCACGCGGCGCTGCTCGAAGAAGTCGACGACCTGGCCCTACCGCCCGATGTGCAG > NC_002947/5658031‑5658329 | gcgAAACATTGGCAGCCCTGTGCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTTCTCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGc > 2:2019179/1‑150 (MQ=255) cgAAACATTGGCAGCCCTGTGCAAAGCCAGTGGCGATGCCCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCt < 1:739084/150‑1 (MQ=255) gAAACATTGGCAGCCCTGTGCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGACCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTg > 2:2208881/1‑150 (MQ=255) aaaCATTGGCAGCCCTGTGCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCCTGAGCCAGCACCTTGAGGTGATgg < 1:2125999/150‑1 (MQ=255) aaaTTCGCAGCCCTGTTCGAGGCCAGGGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCAAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCt > 2:1731511/3‑150 (MQ=255) ttGGCAGCCCTGTGCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCACGGTGCTGGCTCA‑g > 2:1344197/1‑150 (MQ=255) ttGGCAGCCCTGTGCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑g > 2:467487/1‑150 (MQ=255) tGGCAGCCCTGTGCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑gg < 1:1177082/150‑1 (MQ=255) 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tgCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTg < 1:1546986/150‑1 (MQ=255) tgCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTg < 2:1127212/150‑1 (MQ=255) tgCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTg < 1:465973/150‑1 (MQ=255) tgCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTg < 1:192995/150‑1 (MQ=255) gCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTgg < 2:253770/150‑1 (MQ=255) 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cTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGtgccct > 1:1054975/1‑150 (MQ=255) ttGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGtgccctg > 1:1734593/1‑150 (MQ=255) ggCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGtgccctgcc < 2:110584/150‑1 (MQ=255) gCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGtgccctg > 2:1679998/1‑147 (MQ=255) gCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGtgccctg < 1:1679998/147‑1 (MQ=255) 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cATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGTGCCCTGCCCGATGGCCTGCGCCTGGGTGGCCGGCTGCACGCGGCGCTGCTCGAAGAAGTCGACGACCTGGCCCTa < 1:1344197/150‑1 (MQ=255) aTCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGTGCCCTGCCCGATGGCCTGCGCCTGGGTGGCCGGCTGCACGCGGCGCTGCTCgaa > 1:2079892/1‑128 (MQ=255) aTCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGTGCCCTGCCCGATGGCCTGCGCCTGGGTGGCCGGCTGCACGCGGCGCTGCTCGAAGAAGTCGACGACCTGGCCCTAc > 1:212552/1‑150 (MQ=255) aTCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGTGCCCGGCCCGATGGCCTGCGCCTGGGTGGCCGGCTGCACGCGGCGCTGCTCgaa < 2:2079892/128‑1 (MQ=255) tCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGTGCCCTGCCCGATGGCCTGCGCCTGGGTGGCCGGCTGCACGCGGCGCTGCTCGAAGAAGTCGACGACCTGGCCCTAcc > 2:20793/1‑150 (MQ=255) 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cTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGTGCCCTGCCCGATGGCCTGCGCCTGGGTGGCCGGCTGCACGCGGCGCTGCTCGAAGAAGTCGACGACCTGGCCCTACCGCCCGATGTGCAg < 1:396178/150‑1 (MQ=255) | GCGAAACATTGGCAGCCCTGTGCAAAGCCAGTGGCGATGCGCTGCGCCTGAACGTATTGCGCGCCTTGGCCAATGACTCGTTCGGCGTGCTGGAACTGGCGCAGATCTTCGACATCGGCCAGTCGGGCATGAGCCATCACCTCAAGGTGCTGGCTCA‑GGCCGACCTCGTGGCAACCCGCCGCGAAGGCAACG‑CCATCTTCTACCGCCGTGCCCTGCCCGATGGCCTGCGCCTGGGTGGCCGGCTGCACGCGGCGCTGCTCGAAGAAGTCGACGACCTGGCCCTACCGCCCGATGTGCAG > NC_002947/5658031‑5658329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |