| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,661,468 | A→T | 8.3% | S348C (AGC→TGC) ‡ | ligB → | DNA ligase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,661,468 | 0 | A | T | 8.3% | 331.5 / 16.1 | 110 | S348C (AGC→TGC) ‡ | ligB | DNA ligase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/47); new base T (5/4); total (59/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ATACTGGATCGCGGCCTGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCACCAGCACCCGAC > NC_002947/5661320‑5661617 | aTACTGGATCGCGGCCTGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCACCCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCCAGTCAg > 2:814766/1‑150 (MQ=255) tACTGGATCGCGGCCTGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGc < 2:1498618/150‑1 (MQ=255) tGGATCGCGGCCTGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCtt < 2:505278/150‑1 (MQ=255) tGGATCGCGGCCTGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCtt < 1:2190301/150‑1 (MQ=255) ggATCGCGGCCTGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTg < 1:1283201/150‑1 (MQ=255) ggATCGCGGCCTGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTg < 2:1246411/150‑1 (MQ=255) gATCGCGGCCTGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTgg < 1:731811/150‑1 (MQ=255) gcgGCCTGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCg > 1:954222/1‑150 (MQ=255) gcgGCCTGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCACATTACCCAAGGCTGACTTGGGtaa < 1:60882/150‑3 (MQ=255) cgGCCCGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCAAGATCCTTATGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGGCTGACTCGGGtaat < 1:2222677/150‑4 (MQ=255) tGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGgcg > 2:1452157/1‑150 (MQ=255) gAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGgcgcg > 1:1719363/1‑150 (MQ=255) gTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTg > 1:1863984/1‑150 (MQ=255) ccccTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCa > 1:3398/1‑150 (MQ=255) ccTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAAc > 1:1913903/1‑150 (MQ=255) cTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACg > 2:2163959/1‑150 (MQ=255) tATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGc < 1:977591/150‑1 (MQ=255) gCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTg < 1:1036622/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCCGGCAAGGCTGatg > 2:223216/1‑106 (MQ=255) cTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTGGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTgg < 2:2320652/85‑1 (MQ=255) tCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGcc > 2:1662127/1‑150 (MQ=255) tGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGaa < 1:1050395/118‑1 (MQ=255) tGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGaa > 2:1050395/1‑118 (MQ=255) cGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATa > 1:2185784/1‑150 (MQ=255) ggCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATaa < 1:464826/150‑1 (MQ=255) cgcATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAAcc < 2:1146931/150‑1 (MQ=255) ccagcgaCCCAAGGCTGACTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAAACAACCGCGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAAcc > 2:803819/7‑150 (MQ=255) cagcgaCCCAAGGCTGACTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCg > 1:998870/6‑150 (MQ=255) tACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCAcc < 1:1452157/150‑1 (MQ=255) gaCCCAAGGCTGACTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCAcc > 1:1526951/2‑150 (MQ=255) aCCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCACCa < 1:814766/150‑1 (MQ=255) aCCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCACCa < 1:284192/150‑1 (MQ=255) cccAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCACCAg > 1:2256900/1‑150 (MQ=255) cccAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCACCAg > 2:502009/1‑150 (MQ=255) cccAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCACCAg > 1:1085095/1‑150 (MQ=255) cccAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCACCAg > 2:1762657/1‑150 (MQ=255) ccAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGa > 1:667120/1‑42 (MQ=255) ccAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGa < 2:667120/42‑1 (MQ=255) ccAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCt > 2:1084760/1‑84 (MQ=255) ccAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCt < 1:1084760/84‑1 (MQ=255) ccAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCACCAGc > 2:2407765/1‑150 (MQ=255) ccAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCACCAGc > 1:2084171/1‑150 (MQ=255) | ATACTGGATCGCGGCCTGGAAGTACCCCTATGCACAAGCCTTGGCCGAAGTACGCGACGTGCGCTTTCGGGTCGGCCGCACTGGCAGGGTCACGCCCGTTCTTCACGTGCAACCCGTTACCCTCGATGACCGGCGCATTACCCAAGTCAGCCTTGGGTCGCTGGCGCGCTGGCAACGCCTGGATATT‑CGCCCTGGCGATCAGGTGGCCATCAGCCTTGCCGGGCTGACCATTCCGCGGCTCGAACACGTCGTGCACCGCGCTGTAGAGCGCCAACCGATAACCGCACCAGCACCCGAC > NC_002947/5661320‑5661617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |