| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,667,310 | A→C | 6.0% | intergenic (+37/+34) | nhaP → / ← PP_4975 | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/acyl‑CoA thioesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,667,310 | 0 | A | C | 6.0% | 355.2 / 12.1 | 126 | intergenic (+37/+34) | nhaP/PP_4975 | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/acyl‑CoA thioesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/57); new base C (4/4); total (65/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATT‑CGACTGCCGAATCCGGGAACTGGTCCTGCACGTACTTGATCTCGGTGCGCCCATGGGCTGCCGGCAAGCCATCCTCGCCCAGGTTGACGAACACCATCTTGTCGACA > NC_002947/5667172‑5667455 | gACCTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAaga > 1:1282041/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGCTGTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAgg < 2:1376240/150‑1 (MQ=255) ctgctgctgTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCTCTTCGCGGGTTCACCCGCGaatgggc < 1:1847485/150‑6 (MQ=255) ctgctgctgTCGATCACCTACATCGTGGTGTTGTCGTCGATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTTCACCCGCGaatgggc 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(MQ=255) gtcgATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATT‑CGACTGCCGaa > 1:1243160/1‑150 (MQ=255) gATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATT‑CGAc > 1:605897/1‑140 (MQ=255) gATTCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATT‑CGAc < 2:605897/140‑1 (MQ=255) ttCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCgg < 1:424472/113‑1 (MQ=255) ttCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCgg > 2:424472/1‑113 (MQ=255) ttCTGGTGCAGGGGTTGAGCATTGGGCGGGTGGTGCGCAAGGTCAGCGCCCAGCCTTGAGAATGCCGGGGCCGCTTTGCGGCCCATTCGCGGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACCAGGGTCTATT‑CGACTGCCGAATCCgg < 2:1775095/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |