| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,675,646 | C→G | 5.2% | G116A (GGC→GCC) | yceJ ← | iron‑regulated cytochrome b561 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,675,646 | 0 | C | G | 5.2% | 284.7 / 2.8 | 89 | G116A (GGC→GCC) | yceJ | iron‑regulated cytochrome b561 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/39); new base G (3/2); total (48/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTTGAGCGCGGCAAGGGCATGCAGCACGGCAAAAATCACCAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCC‑CAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGC > NC_002947/5675497‑5675786 | gCTTGAGCGCGGCAAGGGCATGCAGCACGGCCAACATGATCAGGCCAACCTCACGCTGCAAGAGAACGGCACGTGCCACATCTGCCTGGTAAGGCAGGTCGCAGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGc > 1:1252321/1‑150 (MQ=255) ttGAGCGCGGCAAGGGCATGCAGCACGGCAAAAATCACCAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCg > 2:2359551/1‑150 (MQ=255) ttGAGCGCGGCAAGGGCATGCAGCACGGCAAAAATCACCAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCg > 2:178720/1‑150 (MQ=255) ggCAAGGGCATGCAGCACGGCAAAAATCACCAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGt < 2:1366994/150‑1 (MQ=255) gggCATGCAGCACGGCAAAAATCACCAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCTCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGaaa > 1:2318591/1‑150 (MQ=255) gCATGCAGCACGGCAAAAATCACCAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATc > 2:1708943/1‑150 (MQ=255) cATGCAGCACGGCAAAAATCACCAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCa > 2:392094/1‑150 (MQ=255) aTGCAGCACGGCAAAAATCACCAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAg > 2:471854/1‑150 (MQ=255) 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cAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGGCGTcggcat > 1:1634628/1‑117 (MQ=255) cAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGGCGTcggcat < 2:1634628/119‑3 (MQ=255) cAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGt > 1:1608925/1‑131 (MQ=255) cAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGt < 2:1608925/131‑1 (MQ=255) cAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGc > 2:1236454/1‑150 (MQ=255) ccccAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAAc < 2:2230816/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAgg < 1:1756908/98‑1 (MQ=255) ccGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCC‑CAAGGTACAGGGcc > 1:830271/1‑140 (MQ=255) ccGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCC‑CAAGGTACAGGGcc < 2:830271/140‑1 (MQ=255) ccGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCC‑CAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCa < 1:2359551/150‑1 (MQ=255) ccACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAAACGGCAACCATCACCGCAAACAGCC‑CAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCt > 2:1818722/1‑150 (MQ=255) aTCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCC‑CAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGgc > 1:1828447/1‑150 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ttCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCC‑CAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCgg < 2:1159639/150‑1 (MQ=255) gAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCC‑CAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGTTTGGTTGGTGCCggtgg > 1:1394274/1‑150 (MQ=255) aaCAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCaa > 1:1323832/1‑58 (MQ=255) aaCAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCaa < 2:1323832/58‑1 (MQ=255) aCAGGCCGAACACCGGAATGCCGCCGCCGTCGGCGGGGGAAACCAGGTAACCGGCAACCATCACCACAAACAGCC‑CAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGTCGCCAGGCGCGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGgtggtg > 2:1736512/1‑150 (MQ=255) aGGCCGAACACCGGCAGGTCGACGCCGTCGGCGGTTGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCC‑CAAGGTACAGGGCCAGCTGGCCCAGCTTGGCGGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGc < 2:793364/150‑1 (MQ=255) 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GCTTGAGCGCGGCAAGGGCATGCAGCACGGCAAAAATCACCAGCCCCCAAGCCAGCCACAAATGAACCACACCCGCCACATCTGCCTGGTCAGGCAGGTCGCTGATCAGTGCCGGCACTTCGAACAGGCCGAACACCGGAATGCCGACGCCGTCGGCGGTGGAAATCAGGTAACCGGCAACCATCACCGCAAACAGCC‑CAAGGTACAGGGCCAGGTGGCCCAGCTTGGCCGCCAGGCGTGTGACCGCACCATGGTTGGTTGGTGCCGGTGGTGGCGGGCTGATGAAACGC > NC_002947/5675497‑5675786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |