Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,750,454 | C→T | 7.0% | V389M (GTG→ATG) | thiI ← | tRNA sulfurtransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,750,454 | 0 | C | T | 7.0% | 288.1 / 9.7 | 101 | V389M (GTG→ATG) | thiI | tRNA sulfurtransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/41); new base T (4/3); total (56/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.90e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GTAGAACGGCATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGCTTGG > NC_002947/5750305‑5750603 | gTAGAACGGCATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATcac > 2:2203975/1‑150 (MQ=255) ggCATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCg > 2:904311/1‑150 (MQ=255) cATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGAt < 1:466509/150‑1 (MQ=255) cATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGAt > 1:78699/1‑150 (MQ=255) cTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAAt < 1:653326/150‑1 (MQ=255) cTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAAt < 1:473747/150‑1 (MQ=255) cTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAAt > 2:1235707/1‑150 (MQ=255) cTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGAGGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTCCCTCGATTTCGATGTCATTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGTTGTAAAt > 1:565757/1‑150 (MQ=255) aCTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAAc > 2:908987/1‑150 (MQ=255) aCTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGAGCCGGATGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAAc > 2:2393491/1‑150 (MQ=255) tACTTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTTCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTTgctc > 2:731295/1‑148 (MQ=255) cTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCt > 2:899254/1‑150 (MQ=255) cAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAag > 2:2343370/1‑150 (MQ=255) 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cAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGaaa > 2:254295/1‑125 (MQ=255) cAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAgcgcg > 2:50653/1‑150 (MQ=255) gTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCa < 1:908987/150‑1 (MQ=255) tCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACg < 1:1235707/150‑1 (MQ=255) tCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGcc < 1:904311/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCa > 2:567556/1‑150 (MQ=255) cTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCAt > 1:323847/1‑150 (MQ=255) tGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCTTGAgcgcgccaagt > 1:768095/1‑135 (MQ=255) tGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCTTGAgcgcgccaagt < 2:768095/140‑6 (MQ=255) gggCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGt > 2:2075829/1‑150 (MQ=255) aTCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCAAATCGATCACATGATCGATGGAAATGAAATTGGCGCGATAAAGAGCGCGATGAACCACGGCCAtatgtaa > 1:418913/1‑144 (MQ=255) ggTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCt < 1:514438/150‑1 (MQ=255) gCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAgc < 1:1772459/117‑1 (MQ=255) gCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACAGGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAgc > 2:1772459/1‑117 (MQ=255) aaTGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTttcttc > 2:875207/1‑150 (MQ=255) tGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGt < 1:2317066/150‑1 (MQ=255) tGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGt < 1:899254/150‑1 (MQ=255) gTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTg < 1:2203975/150‑1 (MQ=255) aTGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCATGTGATCGATg > 1:841871/1‑81 (MQ=255) aTGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCATGTGATCGATg < 2:841871/81‑1 (MQ=255) gACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCAt > 2:2035150/1‑150 (MQ=255) gACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCAAATGATCGATGGAAATGAATTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCAt < 1:899113/150‑1 (MQ=255) 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cTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTAc < 2:30926/150‑1 (MQ=255) cTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGCGCCTGATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTAc > 2:2000079/1‑150 (MQ=255) tCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGaa > 2:1934365/1‑95 (MQ=255) tCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGaa < 1:1934365/95‑1 (MQ=255) tCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTAcc < 1:731295/150‑1 (MQ=255) tCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTAcc > 1:286839/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAg < 1:2000079/150‑1 (MQ=255) tcatttccATCGATCATGTGATCGATGAAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACAGAGATCACGCCGCAGTAt > 1:410606/8‑150 (MQ=255) ccAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTAtt > 1:316575/1‑150 (MQ=255) cATCGATCATGTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCgaga < 2:90850/129‑1 (MQ=255) cATCGATCATGTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCgaga > 1:90850/1‑129 (MQ=255) cATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCa > 2:1186406/1‑150 (MQ=255) aTCGATCATGTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCgg > 1:753966/1‑117 (MQ=255) aTCGATCATGTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCgg < 2:753966/117‑1 (MQ=255) aTCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTttcttc < 2:332518/81‑1 (MQ=255) aTCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTttcttc > 1:332518/1‑81 (MQ=255) aTCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCAt > 1:1543970/1‑150 (MQ=255) tCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCAtg < 2:1220203/150‑1 (MQ=255) aTCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGc < 1:130941/150‑1 (MQ=255) cacaTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGCtt < 2:600878/150‑1 (MQ=255) cacaTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGCtt < 1:567556/150‑1 (MQ=255) acaTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGCTTg > 1:631231/1‑150 (MQ=255) acaTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGCTTg < 1:1316655/150‑1 (MQ=255) acaTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGCTTg < 2:316575/150‑1 (MQ=255) caTGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGCTTgg > 1:970604/1‑150 (MQ=255) | GTAGAACGGCATGGCCTGGACTTCGATACCTTCCAGCACCAGAGGTTCGTCTTCCTGGGCATCGGGGTGGCGAATGTCGATGACGATCTGGCCTGGCAGCGCCTCGGCCACTTCCTCGATTTCGATGTCCTTGCCCAGCTCATCGATCACATGATCGATGGAAATGAACTTGGCGCGCTCAAGAGCGCGCTCCAGCACGGCCATGTCGAACTGCTTTTCTTCGTGCTCCATGCGGTGACGCTTGGCATGGGTGGTCGGGTTTACCGAGATCACGCCGCAGTATTCCGGCATGTGCTTGG > NC_002947/5750305‑5750603 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |