Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,753,541 | 0 | T | G | 11.8% | 227.2 / 24.2 | 93 | intergenic (+46/‑320) | glnA/glnL | glutamine synthetase/two‑component system sensor histidine kinase/phosphatase GlnL/GlnG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/39); new base G (6/5); total (49/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.31e-01 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ACGACTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTG‑‑GCGCCTCGCGCCGATGACATGATCAAAACGGCCTCCCTCGGGAGGCCGTTTTTGTTTCTGCGCACCTTGCAGAAG‑CGCCGCTGATTCGCCTGTCACGCTATGCTCT‑ATCTTGGTGCATTAATTCACACCATGCCCTCAATTGCTCCCCAATCTGGTTCAGGTTAAACGTTTCACCAAGACTTTCTGA > NC_002947/5753395‑5753690 | acgacTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTG‑‑GCGCCTCGCGCCGATGACATGATCAAAACGGCCTCCCTCgg < 2:292797/150‑1 (MQ=255) acgacTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGATGGTCTCTCCGCTGCAGT‑C‑GCTGTTTATCAGCGTGTTGGGCCTCTCGCCGATGACATGATCAAAACGGCCTCCCTCgg < 1:656434/150‑1 (MQ=255) gacTTCATCGATGCCTTCATCGAGCTGAAGAGCGAAGAAGAAATCAAGGTCCGTACCTTCGTACACCCGCTGGAATACGAGCTGTACTACAGCTGCTGATCTGATTG‑‑GCGCCTCGCGCCGATGACATGATCAAAACGGCCTCCCTCGGGa < 1:2015559/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |