Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,790,681 | A→T | 5.3% | intergenic (‑29/+28) | PP_5073 ← / ← hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,790,681 | 0 | A | T | 5.3% | 307.1 / 5.2 | 94 | intergenic (‑29/+28) | PP_5073/hemE | hypothetical protein/uroporphyrinogen decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/46); new base T (3/2); total (46/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
CGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCAT > NC_002947/5790533‑5790830 | cGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAg < 2:2185053/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCTTCGATGCCGGGtt < 2:1436284/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCTTCGATGCCGGGtt < 2:1951101/150‑1 (MQ=255) tGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACtgtg < 1:2001924/150‑1 (MQ=255) cTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTgtgca < 2:1688378/150‑1 (MQ=255) tGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTgtgcag > 1:2124148/1‑150 (MQ=255) gAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTgtgcagt < 2:2324993/150‑1 (MQ=255) aCAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTgtgcagtgc < 1:410946/150‑1 (MQ=255) aaGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATGCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCAt > 1:637433/1‑150 (MQ=255) gggggCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCa < 2:2124148/150‑1 (MQ=255) gggggCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCa > 2:2366240/1‑150 (MQ=255) ggggCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCaa < 1:914504/150‑1 (MQ=255) gggCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAg > 2:1142592/1‑150 (MQ=255) gAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCgg > 2:1436983/1‑124 (MQ=255) gAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCgg < 1:1436983/124‑1 (MQ=255) tGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACtggtg < 1:743116/150‑1 (MQ=255) tGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACtggtg < 2:888314/150‑1 (MQ=255) ggCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCTTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATTGAAGCCGAGTTTACTGTGCTGTTCATCAAGTCACTggtggtgt > 2:890617/1‑148 (MQ=255) gagaTAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACtggtg < 1:151435/143‑1 (MQ=255) gagaTAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACtggtg > 2:151435/1‑143 (MQ=255) gagaTAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTgc < 1:1529279/150‑1 (MQ=255) aaCGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGa > 1:1761435/1‑150 (MQ=255) aCGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACtggtg < 1:242946/137‑1 (MQ=255) aCGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACtggtg > 2:242946/1‑137 (MQ=255) aTTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCAt > 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aTAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGt > 2:1803778/1‑95 (MQ=255) aTAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACgg < 2:1221059/150‑1 (MQ=255) aTCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGATCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGt > 2:2240464/1‑150 (MQ=255) aTCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGtt < 2:1458302/93‑1 (MQ=255) aTCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGtt > 1:1458302/1‑93 (MQ=255) tCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGtt > 1:6145/1‑150 (MQ=255) cTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAAt > 1:1675087/1‑150 (MQ=255) tttcggtttcgATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCa > 2:58025/1‑150 (MQ=255) tttcggtttcgATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCa > 1:1243921/1‑150 (MQ=255) ttcggtttcgATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCAc > 2:1149014/1‑150 (MQ=255) gtttcgATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCaa > 1:882626/1‑95 (MQ=255) gtttcgATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCaa < 2:882626/95‑1 (MQ=255) gtttcgATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGt > 1:2364677/1‑125 (MQ=255) gtttcgATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGt < 2:2364677/125‑1 (MQ=255) ggACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCgg < 2:1761435/150‑1 (MQ=255) gACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTtgatga > 1:950269/1‑130 (MQ=255) gACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTtgatga < 2:950269/130‑1 (MQ=255) aCCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCATGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGt > 2:1168452/1‑150 (MQ=255) aCCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGt > 1:352276/1‑150 (MQ=255) aCCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGt < 1:220994/150‑1 (MQ=255) ccAGATTAGCGACGATCGATGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCAGCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTc < 2:977751/150‑1 (MQ=255) cAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCa > 2:1854247/1‑150 (MQ=255) aGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCaa < 2:1243921/150‑1 (MQ=255) gATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTgc > 1:813079/1‑97 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aCCCGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAAGTTGAACACATGGCCAg > 1:102015/1‑150 (MQ=255) aCCCGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTAATGCAGGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCCGCGTCATGCCGTGATCAGGGGGGAACACATGTccgg > 1:1730903/1‑148 (MQ=255) aCCCGGCTTCGATGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACGGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAg > 2:31244/1‑150 (MQ=255) cccGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCCTACCGTTCTTGCCGTCACTGTTCCTACAGTTCGTGCACCGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGt < 1:1142592/150‑1 (MQ=255) ccGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTg < 1:649547/150‑1 (MQ=255) aTCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTGACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCGGCGTGTTCCGGGTCAGCTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTg > 1:748621/1‑150 (MQ=255) aTCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCATGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTg < 1:1168452/150‑1 (MQ=255) tCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAAt < 1:2073705/78‑1 (MQ=255) tCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAAt > 2:2073705/1‑78 (MQ=255) aGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACAGGGCCAGTGCCGTGGCCAt < 2:637433/150‑1 (MQ=255) | CGCAAATGCGCCAGTGCTGAACAAGGGGGCGAGGATGAGGGCGAGATAACGGATTTTCATGATAATCGGGTCCTGTTTCGGTTTCGATGGGACCAGATTAGCGACGATCGCTGAATTCAAACTTAACGTACAAAAAACCCGGCATCGAAGCCGGGTTTACTGTGCAGTGCATCAAGTCACTGGTGGTACTGCGCCGACAGTTCGTGCACGGCGTTGATGAATGCACCCGCATGTTCCGGGTCAACTTCCGGCGTGATGCCGTGGCCAAGGTTGAACACATGGCCAGTGCCGTGGCCAT > NC_002947/5790533‑5790830 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |