| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,793,057 | G→T | 5.9% | A110A (GCC→GCA) | gltD ← | glutamate synthase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,793,057 | 0 | G | T | 5.9% | 323.9 / 7.0 | 103 | A110A (GCC→GCA) | gltD | glutamate synthase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/55); new base T (3/3); total (44/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GGCCGGCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAGGCGGTCTTGCGGGCAAACACGGCCGCATACTTCCGGCAGGGTGTTGGTCTGGTGCGACAGTTCCGCCGCGGCCAGGATGTTGCCTTCGGAGACCAGCTTCAACCAGTTGGGGATGAAGTTGTGTACCGGG > NC_002947/5792912‑5793201 | ggccggCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCAc < 2:1668111/150‑1 (MQ=255) ggCGCCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTc < 1:413602/150‑1 (MQ=255) cgcCGATGATGGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCCTGCACCCtgaa < 1:10404/150‑4 (MQ=255) atgatgGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAgg < 2:2328974/150‑1 (MQ=255) atgatgGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAgg < 1:193171/150‑1 (MQ=255) atgatgGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAgg < 1:1627997/150‑1 (MQ=255) atgGCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAGGCgg < 1:92055/150‑1 (MQ=255) ggCAACGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAGGCGGTc > 1:205105/1‑150 (MQ=255) aaCGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAGGCGGTCTTg > 1:1019998/1‑150 (MQ=255) aaCGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAGGCGGTCTTg > 1:1700152/1‑150 (MQ=255) aCGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAGGCGGTCTTGc > 1:1404170/1‑150 (MQ=255) aCGCGCTTGCCGGTTGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAGGCGGTCTTGc < 1:2269671/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGCCGGTTGGCTTGACCTGGGAGATGTGCGGACGCCAGCACATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑AAATTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACCGGCGGTCTTGCgg < 2:80921/150‑1 (MQ=255) ttGGCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGAACGCTCGCACAGGCGTTCTTGCGGGCAGACACGGc > 2:522896/1‑150 (MQ=255) gCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTc > 1:639608/1‑118 (MQ=255) gCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTc < 2:639608/118‑1 (MQ=255) gCTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAGGCGGTCTTGCGGGCAAACACGGCCGc > 2:1500550/1‑150 (MQ=255) cTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCCTGCACCCtgaa > 2:449412/1‑116 (MQ=255) cTTGACCTTGGACATGTCCGGACGCCAGCCCATGGCGAAGGCGGTGTCGGTGATG‑TACTTCTCCACCGAGCCGATGGTCACCGCGCCGAAACCGTCGTTCAGGGTGCCTGCACCCtgaa < 1:449412/119‑4 (MQ=255) 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(MQ=255) gtcgtTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAGGCGGTCTTGCGGGCAAACACGGCCGGATACTTCCGGCAGGGTGTTGGTCTGGTGCGACAGTTCCGCCGCGGCCAGGATGTTGCCTTCGGAGACCAGCTTCAACCAGTTGGGGATGAAGtt > 2:761355/1‑150 (MQ=255) tcgtTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAGGCGGTCTTGCGGGCAAACACGGCCGCATACTTCCGGCAGGGTGTTGGTCTGGTGCGACAGTCCCGCCGCGGCCAGGATGTTGCCTTCGGTGAGTTGTTTCAACCAGTTGGGGATGAAGTtg < 1:1872820/150‑1 (MQ=255) cgtTCAGGGTGCAGGCACCCTCGCACAGGCGGTCTTGCGGGCAAACACGGCCGCATACTTCCGGCAGGGTGTTGGTCTGGTGCGACAGTTCCGCCGCGGCCAGGATGTTGCCTTCGGAGACCAGCTTCAACCAGTTGGGGATGAAGTtgt < 1:1236051/150‑1 (MQ=255) cgaGGGTGCCTGCACCCTCGCACAGGCGGTCTTGCGGGCAAACACGGCCGCATACTTCCGGCAGGGTGTTGGTCTGGTGCGACAGTTCCGCCGCGGCCAGGATGTTGCCTTCGGAGACCAGCTTCAACCAGTTGGGGATGAAGTtgt < 1:1880868/145‑1 (MQ=255) cgaGGGTGCCTGCACCCTCGCACAGGCGGTCTTGCGGGCAAACACGGCCGCATACTTCCGGCAGGGTGTTGGTCTGGTGCGACAGTTCCGCCGCGGCCAGGATGTTGCCTTCGGAGACCAGCTTCAACCAGTTGGGGATGAAGTtgt > 2:1880868/3‑147 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |