Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 5,816,983 | A→G | 11.3% | intergenic (+113/+16) | PP_5092 → / ← pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,816,983 | 0 | A | G | 11.3% | 300.0 / 21.6 | 113 | intergenic (+113/+16) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/53); new base G (2/11); total (49/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCAGGTTACGCA > NC_002947/5816834‑5817132 | agcagcagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCttt < 1:1026243/150‑1 (MQ=255) gcagcagcTGGCTCGGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCAGCTCTCACAGGTAGCGCGTCGATCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTg < 1:1695307/150‑1 (MQ=38) cagcagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGc < 2:151219/150‑1 (MQ=255) gcagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAg < 2:729758/150‑1 (MQ=255) cagcTGAGTCTGGCCAAGCGTTCAGCTGATCGGCGCTCCCCGGTCCCGCCCCCTTCGCTGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCTTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAgg < 2:1237400/150‑1 (MQ=38) gcTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGta < 1:1891114/150‑1 (MQ=255) cTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAGATGTTGTCGAGGGCGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAg < 1:1623670/150‑1 (MQ=38) gCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCt > 1:135451/1‑150 (MQ=255) 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cgcgcgCACGGCCGCTCCCACACGTAGCGGGTCGCGCGCGCCGCCAGCCTACACACCTGCGTAAGCGGGCGCGCCCGCGAAGGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAGCCCTCGCTCCCGCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCa < 2:1096235/150‑1 (MQ=255) cGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAgggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgctt > 2:869162‑M2/1‑74 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGgggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgcttggc < 1:1370986‑M2/150‑80 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATc > 1:575735/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGAGGACGCGCCCGCGAAAGGGCGTTGGCAGGTACTATAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATc > 1:1497632/1‑150 (MQ=255) 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tCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAgggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgc < 2:1798226‑M2/141‑75 (MQ=255) tCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAgggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgc > 1:1798226‑M2/1‑67 (MQ=255) ccacaggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaGGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAAc > 1:596534‑M2/65‑99 (MQ=255) ccacaggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaGGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAAc < 2:596534‑M2/35‑1 (MQ=255) ccacaggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAAcc < 2:160344‑M2/36‑1 (MQ=255) ccacaggtatgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTcc > 1:1570959‑M2/65‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gtgtgGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAAc < 1:839227/149‑1 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCCTCACTGAAGACAACTGCGCCAAc > 2:1965284/1‑150 (MQ=255) tttcgCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGcc > 1:315509/5‑150 (MQ=255) cttcgcgggCACGCCCGCGAAGgggccggtaccggatagcgccgatcagcttaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggcagcacccgcttggccaccacgtagtgcttctgccagtaaggcttgctcaaggtgtcgatactc < 2:104183‑M2/146‑129 (MQ=255) ttcgCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGccc > 2:386293/4‑150 (MQ=255) cccgcgaaAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTgc < 1:783251‑M2/119‑1 (MQ=255) cccgcgaaAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCAg < 1:386293‑M2/142‑1 (MQ=255) cgaaAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCAGGTTa < 2:469493‑M2/146‑1 (MQ=255) aGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCAGGTTACGCa < 2:315509/150‑1 (MQ=255) aGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCCGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCAGGTTACGCa < 2:2182490/150‑1 (MQ=255) | GCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAGCATCCCCTCCGCCGCCCCGCCCTGCATCACTGAAGACAACTGCGCCAACCGCCCCTCCCGAACCAGGTTACGCA > NC_002947/5816834‑5817132 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |