| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,853,439 | C→T | 6.9% | P118P (CCG→CCA) | pchP ← | phosphoethanolamine/phosphocholine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,853,439 | 0 | C | T | 6.9% | 300.9 / 8.0 | 101 | P118P (CCG→CCA) | pchP | phosphoethanolamine/phosphocholine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/50); new base T (3/4); total (47/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TGAAGACCTTGGGCGGCTGAACCTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCGGCAGTGTCCTTGAACGGCATCAACTTCAACGAAGGGTCGAGCTTGTCGCGGCTTAGCAGCCCCTTGTTTTCCATGAAC > NC_002947/5853291‑5853586 | tGAAGACCTTGGGCGGCTGAACCTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCAc < 1:1409759/149‑1 (MQ=255)tGAAGACCTTGGGCGGCTGAACCTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCAc > 2:1409759/1‑149 (MQ=255) aaGACCTTGGGCGGCTGAACCTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACggg > 1:1655989/1‑150 (MQ=255) aCCTTGGGCGGCTGAACCTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAg < 2:240508/150‑1 (MQ=255) cTTGGGCGGCTGAACCTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCa < 1:1010459/150‑1 (MQ=255) cTTGGGCGGCTGAACCTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCACGTCCTTCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCa < 1:1025432/150‑1 (MQ=255) tGGGCGGCTGAACCTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCATCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGa < 2:1191488/150‑1 (MQ=255) tGGGCGGCTGAACCTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCGTGGGTAGccca < 2:1141074/150‑4 (MQ=255) ggcggcTGAACCTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGAcc < 2:1655989/150‑1 (MQ=255) aCCTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCg > 1:1420975/1‑150 (MQ=255) ccTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGa < 2:606295/150‑1 (MQ=255) cTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCGTGGGTGGccca < 2:2401541/137‑4 (MQ=255) cTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCGTGGGTAGccca > 1:2401541/1‑134 (MQ=255) cTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACgg < 2:841368/129‑1 (MQ=255) cTCGATGGCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACgg > 1:841368/1‑129 (MQ=255) ggCCTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTcaca < 2:856377/150‑1 (MQ=255) ccTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCGTGGGTAGccca < 2:894731/129‑4 (MQ=255) ccTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCGTGGGTAGccca > 1:894731/1‑126 (MQ=255) ccTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACgg > 2:559048/1‑121 (MQ=255) ccTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACgg < 1:559048/121‑1 (MQ=255) ccTTGACCTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTcacaca > 1:231461/1‑150 (MQ=255) cTGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGgta < 1:1056713/150‑1 (MQ=255) tGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGgtag > 1:905096/1‑150 (MQ=255) tGGTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGgtag > 1:514392/1‑150 (MQ=255) gTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGgtagta < 1:1112512/150‑1 (MQ=255) gTCGCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGgtagta > 1:1797289/1‑150 (MQ=255) gCCTTCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGgtagtagta < 1:980435/150‑1 (MQ=255) ttCGTAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACt < 2:1084325/150‑1 (MQ=255) tAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGgtag > 2:779756/1‑138 (MQ=255) tAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGgtag < 1:779756/138‑1 (MQ=255) tAATAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAAc < 2:1420975/150‑1 (MQ=255) aaTAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACa < 1:1174565/150‑1 (MQ=255) tAGGTGCTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCACCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAgg < 2:1276909/150‑1 (MQ=255) cTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTcc < 2:514392/150‑1 (MQ=255) cTGGGGATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCACCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTcc > 1:1360091/1‑150 (MQ=255) ggggATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCtt < 2:231461/150‑1 (MQ=255) ggATCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTtgt > 2:250864/1‑150 (MQ=255) tCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCtt > 2:746986/1‑145 (MQ=255) tCGGCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCtt < 1:746986/145‑1 (MQ=255) gCTTGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCgg < 1:712586/150‑1 (MQ=255) ttGGTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCGGCa > 2:2190454/1‑150 (MQ=255) ggTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCGGCAgt > 1:1424783/1‑150 (MQ=255) ggTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCGGCAgt < 2:463824/150‑1 (MQ=255) gTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCGGCAgtg > 2:113111/1‑150 (MQ=255) gTCGAAGCCATCAGCTCATCCACCTGCGCCTTCAGCTCCTGCAAGGTAAAGCCCGAGAACACCTGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCGGCAgtg < 1:1182678/150‑1 (MQ=255) 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2:2291635/1‑132 (MQ=255) tGGGCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCGGCAGTGTCCTGGAACGGCATCAACTTCAACGAAGGGTCGAGCTTGTCGCgg < 1:2291635/132‑1 (MQ=255) gCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCGGCAGTGTCCTTGAACGGCATCAACTTCAACGAAGGGTCGAGCTTGTCGCGGCTTAGCAGCCCCTTGTTTTcc < 2:281836/150‑1 (MQ=255) gCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCGGCAGTGTCCTTGAACGGCATCAACTTCAACGAAGGGTCGAGCTTGTCGCGGCTTAGCAGCCCCTTGTTTTcc < 2:1818049/150‑1 (MQ=255) gCTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCGGCAGTGTCCTTGAACGGCATCAACTTCAACGAAGGGTCGAGCTTGTCGCGGCTTAGCAGCCCCTTGTTTTcc < 2:2403427/150‑1 (MQ=255) cTACCCACGGGTAGCAGACCATGTCATCGATTTCACACAGCCGGTAGTAGTAACTGAACAGGCTTTCCTTGTGCTCGGCAGTGTCCTTGAACGGCATCAACTTCAACGAAGGGTCGAGCTTGTCGCGGCTTAGCAGCCCCTTGTTTTCCa < 2:1260222/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |