| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 537,471 | G→A | 5.4% | noncoding (64/66 nt) | PP_mr07 → | P26 ncRNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 537,471 | 0 | G | A | 5.4% | 283.6 / 4.3 | 93 | noncoding (64/66 nt) | PP_mr07 | P26 ncRNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/45); new base A (2/3); total (45/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
TAGCTGAAGGCGTTTCGAAAGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGTTATTGGTGGCCGGTCAGGCCGGTCCCGATAACGAGCTGCAAGACACCCATGTGGGTGGCGCAAACCAAGGGGTTTGCACGATTTTCTGGCTGCTCCCGCCGGGAGAAGCCAAACAAGCAGGTGACCAAGCTGGGG > NC_002947/537323‑537618 | tAGCTGAAGGCGTTTCGAAAGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCgg > 1:343333/1‑150 (MQ=255) gCTGAAGGCGTTTCGAAAGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGACACCGGcc > 1:88592/1‑150 (MQ=255) ggCGTTTCGAAAGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGTGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTc < 1:659697/150‑1 (MQ=255) ggCGTTTCGAAAGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTc < 1:1701912/150‑1 (MQ=255) gTTTCGAAAGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGt > 1:464955/1‑150 (MQ=255) gTTTCGAAAGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGt < 1:1794862/150‑1 (MQ=255) ttCGAAAGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGTTa < 1:1809218/150‑1 (MQ=255) aaaaGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGCCGCTAAAGTATAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGTTATtg < 2:1174343/149‑1 (MQ=255) aaaGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGTTATtgg > 1:1880106/1‑150 (MQ=255) aaaGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGTTATtgg > 1:1597556/1‑150 (MQ=255) aagaagCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGTTATtggt < 2:343333/150‑1 (MQ=255) gaagCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGTTATtggtgg < 1:2107483/150‑1 (MQ=255) gCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGTTATTGGTGGCCg > 1:2375654/1‑150 (MQ=255) 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ggCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGTTATTGGTGGCCGGTCAGGCCGGTCCCGATAACGAGCTGCAAGACACCCATGTGGGTGGCGCAAACCAAGGGGTTTGCACGATTTTCTGGCTGCTCCCGCCGGGAGAAGCCAAACAAGCAGGTGa > 2:973230/1‑150 (MQ=255) ttATGCCACCGGCCTTTTTCCGTTATTGGTGGCCGGTCAGGCCGGTCCCGATAACGAGCTGCAAGACACCCATGTGGGTGGCGCAAACCAAGGGGTTTGCACGATTTTCTGGCTGCTCCCGCCGGGAGAAGCCAAACAAGCAGGTGACCa > 2:58768/1‑150 (MQ=255) aTGCCACCGGCCTTTTTCCGTTATTGGTGGCCGGTCAGGCCGGTCCCGATAACGAGCTGCAAGACACCCATGTGGGTGGCGCAAACCAAGGGGTTTGCACGATTTTCTGGCTGCTCCCGCCGGGAGAAGCCAAACAAGCAGGTGACCAAg < 1:1793115/150‑1 (MQ=255) ccACCGGCCTTTTTCCGTTATTGGTGGCCGGTCAGGCCGGTCCCGATAACGAGCTGCAAGACACCCATGTGGGTGGCGCAAACCAAGGGGTTTGCACGATTTTCTGGCTGCTCCCGCCGGGAGAAGCCAAACAAGCAGGTGACCAAGCTg < 1:1883768/150‑1 (MQ=255) aCCGGCCTTTTTCCGTTATTGGTGGCCGGTCAGGCCGGTCCCGATAACGAGCTGCAAGACACCCATGTGGGTGGCGCAAACCAAGGGGTTTGCACGATTTTCTGGCTGCTCCCGCCGGGAGAAGCCa > 1:150226/1‑127 (MQ=255) aCCGGCCTTTTTCCGTTATTGGTGGCCGGTCAGGCCGGTCCCGATAACGAGCTGCAAGACACCCATGTGGGTGGCGCAAACCAAGGGGTTTGCACGATTTTCTGGCTGCTCCCGCCGGGAGAAGCCa < 2:150226/127‑1 (MQ=255) ccGGCCTTTTTCCGTTATTGGTGGCCGGTCAGGCCGGTCCCGATAACGAGCTGCAAGACACCCATGTGGGTGGCGCAAACCAAGGGGTTTGCACGATTTTCTGGCTGCTCCCGCCGGGAGAAGCCAAACAAGCAGGTGACCAAGCTgggg > 2:1156118/1‑150 (MQ=255) | TAGCTGAAGGCGTTTCGAAAGAAGCCGCTGAAGACGCTAAGAAGAAGCTGGAAGAAGCAGGCGCTAAAGTCGAGCTGAAGTAATCTCGACCTTGCGATGCCAGCCTGAGCGTTGAGCGAAAGGCTGATGGCTGGTGGCTTATGCCACCGGCCTTTTTCCGTTATTGGTGGCCGGTCAGGCCGGTCCCGATAACGAGCTGCAAGACACCCATGTGGGTGGCGCAAACCAAGGGGTTTGCACGATTTTCTGGCTGCTCCCGCCGGGAGAAGCCAAACAAGCAGGTGACCAAGCTGGGG > NC_002947/537323‑537618 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |