| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,903,008 | T→C | 5.0% | T29A (ACA→GCA) | PP_5175 ← | HlyD family secretion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,903,008 | 0 | T | C | 5.0% | 294.9 / 3.9 | 99 | T29A (ACA→GCA) | PP_5175 | HlyD family secretion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/53); new base C (2/3); total (43/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACGTCGCCGGTCAAAGTGACCCTGGCAGCGAAATCGGTGGGTTGTACCTGCTGCACACCCACCCGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGTAGTTCAGG > NC_002947/5902859‑5903151 | aTCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACGTCGCCGGTCAAAGTGACCCTGGCAGCGAAATCGGTGGGTTGTACCTGCTGCACACCCACCCGAGGCAgtgt > 2:2378309/1‑150 (MQ=255) gCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACGTCGCCGGTCAAAGTGACCCTGGCAGCGAAATCGGTGGGTTGTACCTGCTGCACACCCACCCGAGGCAGTGtctc > 1:1152871/1‑150 (MQ=255) ccACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACGTCGCCGGTCAAAGTGACCCTGGCAGCGAAATCGGTGGGTTGTACCTGCTGCACACCCACCCGAGGCAGTGTCTCgg > 1:193551/1‑150 (MQ=255) 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cccacccGAGGCAGTGTATCGCGTACCTCTTCCTGGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGc < 1:1329379/150‑1 (MQ=255) ccacccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTTCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTtgtg < 2:1442879/133‑1 (MQ=255) ccacccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTTCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTtgtg > 1:1442879/1‑133 (MQ=255) ccacccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCg > 1:428562/1‑150 (MQ=255) ccacccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCg > 1:1389344/1‑150 (MQ=255) ccacccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCg > 1:1019166/1‑150 (MQ=255) tccccGAGACACTGCCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGa > 2:1067669/3‑146 (MQ=255) tccccGAGACACTGCCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGa < 1:1067669/144‑1 (MQ=255) cacccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGt > 1:731594/1‑150 (MQ=255) acccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGTa < 2:2380661/150‑1 (MQ=255) acccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGTa > 2:926005/1‑150 (MQ=255) ccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTtgt < 2:276470/113‑1 (MQ=255) ccGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTtgt > 1:276470/1‑113 (MQ=255) ggCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGTAGTTCAg > 1:1317381/1‑150 (MQ=255) gCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGTAGTTCAgg < 1:2044812/150‑1 (MQ=255) gCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGACCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATCATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGTAGTTCAgg < 1:701565/150‑1 (MQ=255) | ATCGCCCACGTCGACGCTACGCGAAATGATCTTGCCGCCGACGCGGAATGACAAATCGGTCTGCACCCGCGCCTGCACGTCGCCGGTCAAAGTGACCCTGGCAGCGAAATCGGTGGGTTGTACCTGCTGCACACCCACCCGAGGCAGTGTCTCGGGGACCTCTTCCTTGCTACAGCCGGTGAGCATGTACAACAGCCCCAGGCAGACAACCGACAGCGGACGCATCAACGCCATGCTGGCTCCTTGCTTGTGCACAAATGATTTGTGGGATGCGACTGTGAGCGTAGTTCAGG > NC_002947/5902859‑5903151 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |