Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,906,204 | G→A | 5.9% | T218I (ACC→ATC) ‡ | spuF ← | spermidine/putrescine ABC transporter ATP binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,906,204 | 0 | G | A | 5.9% | 359.6 / 8.0 | 119 | T218I (ACC→ATC) ‡ | spuF | spermidine/putrescine ABC transporter ATP binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/57); new base A (2/5); total (57/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.81e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GCGTCGTCGACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCTTG > NC_002947/5906057‑5906353 | gCGTCGTCGACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTc > 2:1866232/1‑150 (MQ=255) gCGTCGTCGACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTc > 1:1460789/1‑150 (MQ=255) tcgtcgACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGACCTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATg < 1:2012984/150‑1 (MQ=255) tcgtcgACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATg < 2:850043/150‑1 (MQ=255) tcgtcgACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATg < 1:412659/150‑1 (MQ=255) gtcgACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGCTCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGc < 2:1954437/150‑1 (MQ=255) gACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGCTCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGACATGGTCATGGCctc < 2:704751/150‑1 (MQ=255) gACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGACCATGGccca < 1:2114466/150‑3 (MQ=255) gACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGACCATGGccca < 2:542112/150‑3 (MQ=255) gACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGACCATGGccca < 2:1394378/150‑3 (MQ=255) gACCACCTCACCTTCCAACAGTTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACTAGGCGGCTGGTAGGGGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGAACCAGCCCAGGTGCATGATGTCGATGCGCTTGGCCATGGTCATGGCctc < 2:459015/150‑1 (MQ=255) cACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGCTGCTCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTc < 1:1529931/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTg > 2:576568/1‑150 (MQ=255) aCCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTc > 2:568125/1‑150 (MQ=255) ccTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCg < 1:1468873/150‑1 (MQ=255) ccTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCg > 1:1001716/1‑150 (MQ=255) cTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGt < 1:568125/150‑1 (MQ=255) ttCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTg > 1:1237202/1‑150 (MQ=255) ttCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTg < 2:1212869/150‑1 (MQ=255) tCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTgg < 1:1477389/150‑1 (MQ=255) aaCAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTc > 2:1848993/1‑150 (MQ=255) gTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCAt > 1:1752619/1‑150 (MQ=255) aCGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACg < 1:2152180/150‑1 (MQ=255) 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cggcTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGAtc < 1:746989/150‑1 (MQ=255) ggcTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGAtct > 2:677318/1‑150 (MQ=255) tGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGa > 1:1228632/1‑150 (MQ=255) gTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCa > 1:667137/1‑119 (MQ=255) tAGGCGTCGCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGAcca < 2:511069/150‑1 (MQ=255) 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2:1690355/150‑1 (MQ=255) cAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCAccc > 1:18519/1‑150 (MQ=255) aGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGc < 2:1695092/150‑1 (MQ=255) tGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCtcg < 2:1444824/150‑1 (MQ=255) cATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCtcgtc < 1:502865/150‑1 (MQ=255) tgGCCATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGagca < 1:709084/150‑1 (MQ=255) gATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAAc < 2:731987/107‑1 (MQ=255) gATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAAc > 1:731987/1‑107 (MQ=255) gATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGagcagcag < 2:631434/150‑1 (MQ=255) gaagaggCCATGACCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGt > 2:2166230/6‑150 (MQ=255) agaggCCATGACCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTc < 2:2303962/111‑1 (MQ=255) tGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTa > 2:731164/1‑150 (MQ=255) 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aTGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCCCCATCGCGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGgcgc > 1:1770756/1‑150 (MQ=255) aTGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGgcgc > 1:2219131/1‑150 (MQ=255) tGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCt > 2:1395914/1‑150 (MQ=255) gTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCTTg < 2:2136286/150‑1 (MQ=255) | GCGTCGTCGACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCTTG > NC_002947/5906057‑5906353 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |