| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,906,205 | T→C | 5.9% | T218A (ACC→GCC) ‡ | spuF ← | spermidine/putrescine ABC transporter ATP binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,906,205 | 0 | T | C | 5.9% | 362.6 / 6.9 | 120 | T218A (ACC→GCC) ‡ | spuF | spermidine/putrescine ABC transporter ATP binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/58); new base C (2/5); total (57/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GCGTCGTCGACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCTTG > NC_002947/5906057‑5906353 | gCGTCGTCGACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTc > 2:1866232/1‑150 (MQ=255)gCGTCGTCGACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTc > 1:1460789/1‑150 (MQ=255) tcgtcgACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGACCTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATg < 1:2012984/150‑1 (MQ=255) tcgtcgACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATg < 2:850043/150‑1 (MQ=255) tcgtcgACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATg < 1:412659/150‑1 (MQ=255) gtcgACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGCTCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGc < 2:1954437/150‑1 (MQ=255) gACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGCTCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGACATGGTCATGGCctc < 2:704751/150‑1 (MQ=255) gACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGACCATGGccca < 1:2114466/150‑3 (MQ=255) gACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGACCATGGccca < 2:542112/150‑3 (MQ=255) gACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGACCATGGccca < 2:1394378/150‑3 (MQ=255) gACCACCTCACCTTCCAACAGTTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACTAGGCGGCTGGTAGGGGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGAACCAGCCCAGGTGCATGATGTCGATGCGCTTGGCCATGGTCATGGCctc < 2:459015/150‑1 (MQ=255) cACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGCTGCTCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTc < 1:1529931/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTg > 2:576568/1‑150 (MQ=255) aCCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTc > 2:568125/1‑150 (MQ=255) ccTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCg < 1:1468873/150‑1 (MQ=255) ccTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCg > 1:1001716/1‑150 (MQ=255) cTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGt < 1:568125/150‑1 (MQ=255) ttCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTg > 1:1237202/1‑150 (MQ=255) 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gATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAAc < 2:731987/107‑1 (MQ=255) gATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAAc > 1:731987/1‑107 (MQ=255) gATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGagcagcag < 2:631434/150‑1 (MQ=255) gaagaggCCATGACCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGt > 2:2166230/6‑150 (MQ=255) agaggCCATGACCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTc < 2:2303962/111‑1 (MQ=255) tGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTa > 2:731164/1‑150 (MQ=255) 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aTGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCCCCATCGCGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGgcgc > 1:1770756/1‑150 (MQ=255) aTGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGgcgc > 1:2219131/1‑150 (MQ=255) tGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCt > 2:1395914/1‑150 (MQ=255) gTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCTTg < 2:2136286/150‑1 (MQ=255) | GCGTCGTCGACCACGTCACCTTCGAACAGGTTGACGTTACCGATGAACTCGCACACCAGGCGGCTGGTAGGCGTCTCGTAGATGTCCACTGGCGAGCCGATCTGGGCGATCCAGCCCAGGTGCATGATGGCGATGCGCTGGGCCATGGTCATGGCCTCTTCCTGGTCGTGGGTCACCATCACGCAGGTTACACCCACGCGCTCGATGATCTCGACCAGCTCCAGCTGCATCTGCGAACGCAGTTTCTTGTCCAGTGCACCCATTGGCTCGTCGAGCAGCAGCAGTTTAGGGCGCTTG > NC_002947/5906057‑5906353 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |