| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 48,872 | T→G | 8.4% | D168A (GAC→GCC) ‡ | czcA‑I ← | cation efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 48,872 | 0 | T | G | 8.4% | 268.5 / 15.4 | 103 | D168A (GAC→GCC) ‡ | czcA‑I | cation efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/39); new base G (5/4); total (60/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
AACGCTGCGACCAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCAGCTGT > NC_002947/48725‑49018 | aaCGCTGCGACCAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTcc > 2:2155912/1‑150 (MQ=255) cTGCGACCAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGa < 1:981594/150‑1 (MQ=255) gCGACCAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATc > 2:686655/1‑150 (MQ=255) gACCAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCAc > 2:438328/1‑150 (MQ=255) aCCAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCAcg > 1:819510/1‑150 (MQ=255) aGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGGACTGGATCatcaag < 2:1190249/150‑6 (MQ=255) ggTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCa > 1:1317725/1‑150 (MQ=255) gtgtCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGgtcggtcg > 2:1476893/1‑150 (MQ=255) tgtCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGtcggtcgg < 2:1829426/150‑1 (MQ=255) gtCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTCAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCggg < 2:1749130/150‑1 (MQ=255) gtCAACTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACTCCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTTATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCggg < 1:337050/150‑1 (MQ=255) ttGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTAc < 2:1317725/150‑1 (MQ=255) aGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTcc > 2:853129/1‑150 (MQ=255) ggCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCct > 1:1278266/1‑150 (MQ=255) tGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGAc < 2:97120/150‑1 (MQ=255) tCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGGATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACcgcg > 1:1530680/1‑150 (MQ=255) tCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCg < 2:2242153/135‑1 (MQ=255) tCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCg > 1:2242153/1‑135 (MQ=255) tCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGATGAGGCTTGATGATCCAGTCCTg > 2:896212/1‑98 (MQ=255) tCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGATGAGGCTTGATGATCCAGTCCTg < 1:896212/98‑1 (MQ=255) cGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGcc > 2:962269/1‑150 (MQ=255) ggCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCa > 1:1614424/1‑150 (MQ=255) gcgcAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACCCCCGGGACCTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATGACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCAt > 2:1552209/1‑150 (MQ=255) gcgcAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCggg < 2:1040456/116‑1 (MQ=255) gcgcAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCggg > 1:1040456/1‑116 (MQ=255) 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> 2:2276879/1‑150 (MQ=255) aCCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCggg < 1:1389240/91‑1 (MQ=255) aCCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCggg > 2:1389240/1‑91 (MQ=255) ccgccgATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTAc > 2:625686/1‑103 (MQ=255) ccgccgATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTAc < 1:625686/103‑1 (MQ=255) cgccgATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTCAAAAAGCCGGTTCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAAAAGTCCACAGAAAGa > 1:1955376/1‑150 (MQ=21) cgccgATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCcaca > 1:907804/1‑144 (MQ=255) cgccgATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCcaca < 2:907804/144‑1 (MQ=255) gccgATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGAt > 1:1515912/1‑150 (MQ=255) cgATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAgg > 1:1673963/1‑143 (MQ=255) cgATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAgg < 2:1673963/143‑1 (MQ=255) gATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGAc > 2:281622/1‑111 (MQ=255) gATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGAc < 1:281622/111‑1 (MQ=255) 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ggatgctCCAGTCCTGGATCGTGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTg < 2:1715055/149‑1 (MQ=255) gatgatCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTgg < 1:853129/150‑1 (MQ=255) gatgatCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTgg > 2:2277853/1‑150 (MQ=255) gtgatCCAGGACTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGc > 2:1444634/2‑150 (MQ=255) gtgatCCAGGACTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGc > 2:1526349/2‑150 (MQ=255) gtgatCCAGGACTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACACATGACGGCCTCTAAACctgctgtc > 2:1978725/2‑148 (MQ=255) gatCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTCCGGCGTCCCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTCGCTACCGGACCACTGCCGGCCTCTATACCTGCGGGctg < 2:1955376/150‑3 (MQ=255) gatCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACTGTCCACAg > 1:532278/1‑90 (MQ=255) gatCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAg < 2:532278/90‑1 (MQ=255) atCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCAGc > 2:966297/1‑150 (MQ=255) tCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCAGCt > 2:2117361/1‑150 (MQ=255) ccAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCAGCTg > 1:2243228/1‑150 (MQ=255) cAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCCCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCAATACACCCTCTACACCTTCTGGCAGCTGt < 1:933694/150‑1 (MQ=255) | AACGCTGCGACCAGGTCATTGAGTGTCAGCTTGTAGGTAGCCAGGCGCTTTGGATCCGGCGCAACCAGGAACTGCTTGGCATAACCGCCGATGGTATTGATCTCGGCCACACCCGGGACGTTACGCAGCTGAGGCTTGATGATCCAGTCCTGGATCACGCGCAGGTCGGTCGGGGTGTACGGCGTACCGTCCTCTTTGACCGCGCCATCTTCGGCTTCAACAGTCCACAGGAAGATCTCGCCGAGGCCGGTAGATACCGGACCCATGACGGCCTCTACACCTTCTGGCAGCTGT > NC_002947/48725‑49018 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |