| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,984,468 | C→T | 6.8% | intergenic (+8/+81) | PP_5242 → / ← ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,984,468 | 0 | C | T | 6.8% | 242.9 / 4.6 | 83 | intergenic (+8/+81) | PP_5242/ycaC‑II | GAF domain‑containing sensor histidine kinase/putative hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/39); new base T (2/4); total (40/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACCACCAAGACCGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAG > NC_002947/5984319‑5984617 | tACCACCAAGACCGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCNGTAGTTNGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGcc > 1:1723553/1‑150 (MQ=255) accaAGACCGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGcc > 2:298301/1‑150 (MQ=255) gtcttggtggtATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCtt > 2:388106/6‑150 (MQ=255) aGACCGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCtt > 1:1896913/1‑150 (MQ=255) ccGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTcgc < 2:454390/150‑1 (MQ=255) ccGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTcgc < 2:782840/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTcgcg > 1:1227094/1‑150 (MQ=255) cGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTcgcg < 2:322415/150‑1 (MQ=255) gTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCggg > 2:890722/1‑150 (MQ=255) gTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCggg < 2:580732/150‑1 (MQ=255) gCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTaa > 2:827083/1‑150 (MQ=255) aTGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg < 2:1752584/144‑1 (MQ=255) aTGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCgg > 1:1752584/1‑144 (MQ=255) aTGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAc > 1:2535/1‑150 (MQ=255) aTGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAAc > 2:26319/1‑150 (MQ=255) tGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAcc > 1:509234/1‑150 (MQ=255) ggATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTAAGGCCTACGGCGGGCAGCT‑GCAGGTGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGc < 2:421672/150‑1 (MQ=255) gATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCt < 2:1896913/150‑1 (MQ=255) 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gggTGGCTCAGGCCGACGGCGGGGAGGT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTACTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 2:548275/149‑1 (MQ=25) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 1:1301605/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCgg < 1:388106/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 2:509234/150‑1 (MQ=38) cGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCgg < 1:544505/150‑1 (MQ=38) gTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGt > 2:447757/1‑150 (MQ=255) gTGGCTCAGCCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGNCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGt < 1:198211/150‑1 (MQ=255) tccggCCCACGGTGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAcc < 2:1136885/147‑1 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGc > 1:2293979/1‑141 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGc < 2:2293979/141‑1 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAcc < 2:1051607/150‑1 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAcc > 1:813231/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGCCGACCGTAGGAGCggg > 1:435046/1‑144 (MQ=37) ccACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAccc > 2:1963446/1‑145 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTAccc < 1:1963446/145‑1 (MQ=255) ccACGGCGGGCAGCC‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGc < 1:114722/93‑1 (MQ=255) 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< 1:871240/150‑1 (MQ=255) ccGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAg > 1:1602654/1‑150 (MQ=255) cGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGc > 2:1116989/1‑150 (MQ=255) cGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGc > 2:1890566/1‑150 (MQ=255) ggATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCt < 2:463268/150‑1 (MQ=255) ggATTCGTGGCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCt > 1:1532428/1‑150 (MQ=255) 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gCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCgg < 1:1116989/150‑1 (MQ=255) ccTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGt > 2:766298/1‑150 (MQ=255) cTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTa > 1:1278787/1‑150 (MQ=255) cTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTCTCTTTAAGAGGAGACCAGTACCGGTTTACATCAGTGTCCGCCCGGCGCTGGGTAGCCGGTCCTCAGCTTGcacgc > 1:1621505/1‑146 (MQ=16) ttGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGt < 2:2063695/150‑1 (MQ=255) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTAAACCcgcccc < 1:2066226/78‑4 (MQ=21) tCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTAAACCcgcccc > 2:2066226/1‑75 (MQ=21) gCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATAc > 1:692119/1‑150 (MQ=255) tAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCt > 2:990095/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGa > 2:1077070/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGa < 2:1278787/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagca < 2:692119/150‑1 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagcag > 2:117713/1‑150 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagcag > 2:1473442/1‑150 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTAATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGCTACGCTGCGAcagcag > 1:1312389/1‑150 (MQ=255) cGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGGTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGAcagcag > 1:1588575/1‑150 (MQ=255) | TACCACCAAGACCGGTGGCATGGGGATGGGCTTGGCGATCTGTAGTTCGGTGGCTCAGGCCCACGGCGGGCAGCT‑GCAGGCGCTGGTGTCGCAGTTGGGTGGATGCCGGATTCGTGTCAGTCTGCCTTTGAATCACGCATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGTCGGCTGTAGGGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACAGGTTTACATCAGCGCGAGGCCAGCGCTGCGTAGCTGTTCATCAGGTTGCGGTAGTTGGGGATACGCTGCGACAGCAG > NC_002947/5984319‑5984617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |