| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,049,349 | T→C | 6.7% | V52A (GTG→GCG) ‡ | spoT → | bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,049,349 | 0 | T | C | 6.7% | 448.4 / 13.9 | 149 | V52A (GTG→GCG) ‡ | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthase/hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/70); new base C (5/5); total (74/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GGGTATAGAAGCCTTGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGCCGAATTGGTCGATGGGGTCAG > NC_002947/6049200‑6049496 | gggTATAGAAGCCTTGGCCGACCGGCTTTCGCCCTATCTTGGCCCCGAACAGGGCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGt < 2:1933178/150‑1 (MQ=255) gTATAGAAGCCTTGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTgg > 1:2290040/1‑150 (MQ=255) gTATAGAAGCCTTGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTgg < 1:1588004/150‑1 (MQ=255) gTATAGAAGCCTTGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTgg < 1:1962308/150‑1 (MQ=255) tataGAAGCCTTGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGc < 1:2049050/150‑1 (MQ=255) taGAAGCCTTGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCa < 1:1180569/150‑1 (MQ=255) taGAAGCCTTGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCa > 2:494204/1‑150 (MQ=255) aGCCTTGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCACGGCCAGcgg < 1:239675/150‑3 (MQ=255) aGCCTTGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCACGGCCAGcgg < 2:830321/150‑3 (MQ=255) gCCTTGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGNCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATc < 1:1896885/150‑1 (MQ=255) cTTGGCCGAACGGCTTTCGCCACCTCAGTTCCCCGAACAAGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCACGGCCAGcgggtg < 1:1118/150‑6 (MQ=255) ttGGCCGAACGGCTTTCGACTTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTGCGCCGAACAGGCCCACGATTGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCTTGCGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTc < 1:2368562/150‑1 (MQ=255) ttGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTc > 1:791310/1‑150 (MQ=255) ttGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAAGCCCAACATGCGGAACGGCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACCTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTc > 2:1880960/1‑150 (MQ=255) gCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACGCGGCCGTGGGCCGTGGCCAGCATCCTCGcc > 1:1811029/1‑150 (MQ=255) cGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGa > 1:2087017/1‑150 (MQ=255) cGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCACGGCCAGcgg < 2:1661952/141‑3 (MQ=255) gAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGAc > 2:1841118/1‑150 (MQ=255) ggCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGc < 1:1755444/150‑1 (MQ=255) tttCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGc > 1:38508/1‑139 (MQ=255) tttCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGcaca > 2:320179/1‑150 (MQ=255) aCCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGAc > 1:2192950/1‑150 (MQ=255) tATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCAt < 1:2352121/150‑1 (MQ=255) tCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCa > 1:114706/1‑150 (MQ=255) ttGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCaga < 2:2288846/150‑1 (MQ=255) ggCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGc < 2:820415/150‑1 (MQ=255) cccGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCa > 2:1545831/1‑140 (MQ=255) cccGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCa < 1:1545831/140‑1 (MQ=255) cccGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTg > 2:292305/1‑150 (MQ=255) ccGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGa > 1:1439822/1‑150 (MQ=255) aGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATggcgg < 2:187258/150‑1 (MQ=255) gTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACAt > 2:974700/1‑125 (MQ=255) ccTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCAtgct > 1:717675/1‑150 (MQ=255) 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tACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGcc > 1:2266951/1‑150 (MQ=255) tACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGcc > 2:1103720/1‑150 (MQ=255) aCGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTcagccagc > 2:1444232/1‑129 (MQ=255) aCGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTcagccagc < 1:1444232/129‑1 (MQ=255) gACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGACCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGCCGAAtt < 2:1633843/150‑1 (MQ=255) 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acccGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGCCGAATTGGTCg > 2:130445/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGc < 2:2279939/126‑1 (MQ=255) ccGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGCCGAATTGGTCGAt < 2:2399613/150‑1 (MQ=255) tgCTGGCCACGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGCCGAATTGGTCGATg > 2:2353831/2‑150 (MQ=255) tgCTGGCCACGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGCCGAATTGGTCGATg > 2:1522249/2‑150 (MQ=255) tgCTGGCCACGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGAACATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTca > 1:2298075/2‑111 (MQ=255) cTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAATCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGCCGAATTGGTCGATggg < 1:441487/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGCCGAATTGGTCGATggg < 1:1085122/150‑1 (MQ=255) ggCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGCCGAATTGGTCGATGGGGt < 1:1841118/150‑1 (MQ=255) cGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACAGCGGCCTCGCCAAGGAAGACCGC‑GACGGCTTGTAAAGCGAGACCTTGGCCGAATGGTGTGATGGGGTCAg > 2:635344/1‑150 (MQ=255) | GGGTATAGAAGCCTTGGCCGAACGGCTTTCGACCTATCTTGGCCCCGAACAGGTCAACCTGGTTCGGCGTGCCTATTTCTACGCCGAACAGGCCCACGATGGGCAACGCCGCCGCAGTGGCGAGCCCTACGTGACCCACCCGCTGGCCGTGGCCAGCATCCTCGCCGACATGCACATGGACCATCAGAGCCTGATGGCGGCCATGCTGCACGATGTGATCGAAGACACCGGCATCGCCAAGGAAGCCCTCAGCCAGC‑AGTTTGGCGAGACCGTGGCCGAATTGGTCGATGGGGTCAG > NC_002947/6049200‑6049496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |