| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,053,758 | T→A | 6.6% | W16R (TGG→AGG) | exbB → | biopolymer transport protein ExbB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,053,758 | 0 | T | A | 6.6% | 381.2 / 11.4 | 120 | W16R (TGG→AGG) | exbB | biopolymer transport protein ExbB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/45); new base A (5/3); total (72/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TTTTGTTAACAAGAATTACTTGCAATAATGACCGCCAAATTGTTCTCGGCCTACATCGAGGCCTTGGAGAACGCTCACTTTTTTCTTCATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGCCCCGGCGGATGCTCCGGCGCCTGAT > NC_002947/6053609‑6053904 | ttttGTTAACAAGAATTACTTGCAATAATGACCGCCAAATTGTTCTCGGCCTACATCGAGGCCTTGGAGAACGCTCACTTTTTTCTTCATCAGGTCTGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAAACCCGTCGCGCCCCt > 2:1379507/1‑150 (MQ=255) aCAAGAATTACTTGCAATAATGACCGCCAAATTGTTCTCGGCCTACATCGAGGCCTTGGAGAACGCTCACTTTTTTCTTCATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGcc > 1:396289/1‑150 (MQ=255) aCAAGAATTACTTGCAATAATGACCGCCAAATTGTTCTCGGCCTACATCGAGGCCTTGGAGAACGCTCACTTTTTTCTTCATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGcc > 1:75604/1‑150 (MQ=255) cAAGAATTAGTTTCAATAATGACCGCCAAATTGTTCTCGGCCTACATCGAGGCCTTGGAGAACGCTCACTTTTTTCTTCATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCAGgcgcgcga < 1:1447795/150‑3 (MQ=255) gAATTACTTGCAATAATGACCGCCAAATTGTTCTCGGCCTACATCGAGGCCTTGGAGAACGCTCACTTTTTTCTTCATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCAGgcgcgcgacgg < 1:1030611/150‑6 (MQ=255) aaTTACTTGCAATAATGACCGCCAAATTGTTCTCGGCCTACATCGAGGCCTTGGAGAACGCTCACTTTTTTCTTCATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATcgc > 2:951844/1‑150 (MQ=255) aTTACTTGCAATAATGACCGCCAAATTGTTCTCGGCCTACATCGAGGCCTTGGAGAACGCTCACTTTTTTCTTCATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTGGCGCGCCAGgcgcgcgacgggg < 2:322063/150‑8 (MQ=255) aTTACTTGCAATAATGACCGCCAAATTGTTCTCGGCCTACATCGAGGCCTTGGAGAACGCTCACTTTTTTCTTCATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATcgcc < 2:562504/150‑1 (MQ=255) 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tcttcATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCcaca > 2:1492733/1‑150 (MQ=255) ttcATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGcc < 1:511893/73‑1 (MQ=255) ttcATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGcc > 2:511893/1‑73 (MQ=255) atcaGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACctgc > 1:1972575/1‑150 (MQ=255) tcaGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGCCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACctgct > 1:2331141/1‑150 (MQ=255) aGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACctgctgc > 1:1357629/1‑150 (MQ=255) 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ttCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCtgctgctgc > 1:1166903/1‑123 (MQ=255) ttCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCtgctgctgc < 2:1166903/123‑1 (MQ=255) ttCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCtgctgctgc < 1:823629/150‑1 (MQ=255) ttCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCtgctgctgc < 2:2207234/150‑1 (MQ=255) ccGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTTAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGccc > 1:1266863/1‑150 (MQ=255) ccGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGtcc < 1:1033951/150‑1 (MQ=255) gCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCacac > 2:266490/1‑109 (MQ=255) gCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCacac < 1:266490/109‑1 (MQ=255) ccAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACctg < 2:1277473/106‑1 (MQ=255) ccAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACctg > 1:1277473/1‑106 (MQ=255) ccAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGCCCCGGCGGAt > 1:1517570/1‑150 (MQ=255) cAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCgcgc > 2:2192273/1‑36 (MQ=255) cAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGCCCCGGCGGATg > 2:1890039/1‑150 (MQ=255) cccGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACctg < 1:1993502/101‑1 (MQ=255) cccGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACctg > 2:1993502/1‑101 (MQ=255) cccGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGCCCCGGCGGATGCTcc > 1:995705/1‑150 (MQ=255) gatggcgcgcCAGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGCCCCGGCGGATGCTCCgg > 2:244938/5‑150 (MQ=255) gatggcgcgcCAGACGCGCGATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGCCCCGGCGGATGCTCCgg > 2:69547/5‑150 (MQ=255) atggcgcgcCAGGCGCGCGATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGCCCCGGCGGATGCTCCGgc > 2:1476955/4‑150 (MQ=255) atggcgcgcCAGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGCCCCGGCGGATGCTCCGgc > 1:1512300/4‑150 (MQ=255) gcgcCTGCCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCAGCCACACCTGCTCCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTACTGCCCCGGCGGATGCTCCGGCGCCTg > 2:244347/1‑150 (MQ=255) gcCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGCCCCGGCGGATGCTCCGGCGCCTGAt < 2:2189920/150‑1 (MQ=255) gcCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGCCCCGGCGGATGCTCCGGCGCCTGAt < 1:250880/150‑1 (MQ=255) | TTTTGTTAACAAGAATTACTTGCAATAATGACCGCCAAATTGTTCTCGGCCTACATCGAGGCCTTGGAGAACGCTCACTTTTTTCTTCATCAGGTCCGGCCAGCATGACACGTACTCAACCTTCCGCTTCGCCAACCCCGTCGCGCGCCTGGCGCGCCATCGCCGCGCTGACACTCAGCCTGGTGCTGGCCCCGGTGGCCATGGCCGATGAGCCAACCACCAACGCCGCCACACCTGCTGCTGCCACTGCCCCGGCCACACCTGCTGCTGCCCCGGCGGATGCTCCGGCGCCTGAT > NC_002947/6053609‑6053904 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |