| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,076,155 | A→C | 5.3% | S155A (TCC→GCC) | PP_5328 ← | phosphate ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,076,155 | 0 | A | C | 5.3% | 280.3 / 5.8 | 94 | S155A (TCC→GCC) | PP_5328 | phosphate ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/44); new base C (2/3); total (47/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
GCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGAAACACGC > NC_002947/6076009‑6076303 | gCTGACGTGGTGCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAg < 2:1618009/150‑1 (MQ=255)gCTGACGTGGTCCAGCACACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAg > 2:2050172/1‑150 (MQ=255) cTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAgg < 2:2310967/150‑1 (MQ=255) tGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGTCCAATGGCCAGGc < 1:397307/150‑1 (MQ=255) tGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGTCCAATGGCCAGGc < 2:326874/150‑1 (MQ=255) aCGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGccc < 1:1567986/150‑1 (MQ=255) gTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGTCCAATGGCCAGGcgctg < 1:1546264/150‑5 (MQ=255) gTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAg > 2:988043/1‑150 (MQ=255) gTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAg < 1:1788519/150‑1 (MQ=255) tCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGCAAAACCAACGCCTGCCCATTGGACAGGCCCAGcacc > 2:755359/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGcacca < 1:116578/150‑1 (MQ=255) cAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGcaccac > 2:1726281/1‑150 (MQ=255) tctcACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTTTCCGGACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCAccacca < 2:1769898/147‑1 (MQ=255) gcgcACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGACAGATTGCTCGTCATACATCGAGTCGATGGCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCAccacca < 1:540869/150‑1 (MQ=255) aCGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAgaga > 1:1769898/1‑147 (MQ=255) cccTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTg > 2:1399841/1‑150 (MQ=255) ccTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGc > 2:76575/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGcc > 2:1493535/1‑150 (MQ=255) 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ttGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGa > 2:2283772/1‑150 (MQ=255) tGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGAc < 1:76575/150‑1 (MQ=255) tcgacGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGAt < 2:2305507/139‑1 (MQ=255) tCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTCCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTg > 1:2305604/1‑150 (MQ=255) tCGACGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGAt > 1:2305507/1‑143 (MQ=255) gCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCt < 2:1410766/128‑1 (MQ=255) gCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCt > 1:1410766/1‑128 (MQ=255) gTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCa > 1:678677/1‑130 (MQ=255) gTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCa < 2:678677/130‑1 (MQ=255) tACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTgg < 1:1726281/150‑1 (MQ=255) cGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTATGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGgt < 1:521108/150‑1 (MQ=255) cGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGgt < 1:1399841/150‑1 (MQ=255) gTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGc < 1:701954/150‑1 (MQ=255) gATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGt > 1:835991/1‑116 (MQ=255) gATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGt < 2:835991/116‑1 (MQ=255) gATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGa > 2:1913173/1‑134 (MQ=255) gATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGa < 1:1913173/134‑1 (MQ=255) 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2:1012227/1‑150 (MQ=255) ggTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGcc < 2:1148169/93‑1 (MQ=255) ggTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGcc > 1:1148169/1‑93 (MQ=255) ttttCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGcc > 2:2094652/1‑131 (MQ=255) ttttCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGcc < 1:2094652/131‑1 (MQ=255) tttCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACg > 1:196630/1‑150 (MQ=255) ttCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGcaccac > 2:633906/1‑77 (MQ=255) ttCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGcaccac < 1:633906/77‑1 (MQ=255) tgttgtCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGa < 1:988043/150‑1 (MQ=255) gttgtCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAg > 2:1379951/1‑150 (MQ=255) ttgtCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGt > 1:59844/1‑150 (MQ=255) gtCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTc < 2:1942129/150‑1 (MQ=255) tCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCg > 1:2056320/1‑150 (MQ=255) 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gggcCTGTCCAATGGCCAGGCGCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCt > 2:701728/3‑150 (MQ=255) gcCTGTCCAATGGCCAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTg > 1:466451/1‑150 (MQ=255) ccTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTAGCCCTTGt < 2:511801/150‑1 (MQ=255) cTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTc > 1:834671/1‑150 (MQ=255) cTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTc > 1:800546/1‑150 (MQ=255) gCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGa < 2:1758036/150‑1 (MQ=255) cATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGaaa < 2:1556458/150‑1 (MQ=255) cATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGaaa > 2:1181679/1‑150 (MQ=255) aTTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGc < 1:2201154/72‑1 (MQ=255) aTTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGc > 2:2201154/1‑72 (MQ=255) tGGACAGGTCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGAAacac < 1:1012227/150‑1 (MQ=255) tGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGAAacac < 1:400820/150‑1 (MQ=255) gACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGAAACACGc < 2:800546/150‑1 (MQ=255) | GCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGAAACACGC > NC_002947/6076009‑6076303 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |