| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,091,750 | T→G | 5.7% | L40R (CTG→CGG) | PP_5343 → | putative Transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,091,750 | 0 | T | G | 5.7% | 372.9 / 11.7 | 124 | L40R (CTG→CGG) | PP_5343 | putative Transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/57); new base G (4/3); total (64/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GGATGGAACCATTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGCCC > NC_002947/6091603‑6091891 | ggATGGAACCATTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGc < 2:845693/150‑1 (MQ=255) ggAACCATTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGt > 1:1371572/1‑150 (MQ=255) aaCCATTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGc < 2:224829/144‑1 (MQ=255) aaCCATTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGc > 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ccGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAgg < 2:1080998/150‑1 (MQ=255) aacaGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGc > 2:155967/1‑150 (MQ=255) acaGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCa < 2:1226026/150‑1 (MQ=255) caGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGcc < 1:239074/114‑1 (MQ=255) caGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGcc > 2:239074/1‑114 (MQ=255) caGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCAc < 2:319284/150‑1 (MQ=255) 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ggCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGcc > 1:115182/1‑150 (MQ=255) ggCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGcc > 2:429341/1‑150 (MQ=255) ccTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACtgt < 1:519418/60‑1 (MQ=255) ccTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACtgt > 2:519418/1‑60 (MQ=255) cTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTAt < 1:1368248/150‑1 (MQ=255) cTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTAt < 2:115182/150‑1 (MQ=255) cTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTc > 1:457707/1‑150 (MQ=255) tGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAggg > 1:1394556/1‑40 (MQ=255) tGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAggg < 2:1394556/40‑1 (MQ=255) gCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCActgc > 1:2046555/1‑118 (MQ=255) gCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCAc < 1:768932/115‑1 (MQ=255) gCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCAc > 2:768932/1‑115 (MQ=255) accagCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCActgctg < 2:2390817/115‑1 (MQ=255) accagCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCActgctg > 1:2390817/5‑119 (MQ=255) ccagCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTAt > 1:2021004/4‑142 (MQ=255) ccagCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTAt < 2:2021004/139‑1 (MQ=255) ccagCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGccc > 2:1656948/4‑150 (MQ=255) cACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGccc > 2:1254750/1‑150 (MQ=255) cACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGccc > 2:1584407/1‑150 (MQ=255) gCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTa > 2:2081632/1‑118 (MQ=255) gCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTa < 1:2081632/118‑1 (MQ=255) tGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTgcagc < 2:1288207/90‑1 (MQ=255) tGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTgcagc > 1:1288207/1‑90 (MQ=255) | GGATGGAACCATTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGCCC > NC_002947/6091603‑6091891 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |