| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,091,753 | C→A | 5.8% | P41Q (CCG→CAG) | PP_5343 → | putative Transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,091,753 | 0 | C | A | 5.8% | 399.0 / 8.8 | 121 | P41Q (CCG→CAG) | PP_5343 | putative Transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/55); new base A (4/3); total (63/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GGAACCATTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGCCCCGGCTATTAC > NC_002947/6091607‑6091901 | ggAACCATTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGt > 1:1371572/1‑150 (MQ=255) aaCCATTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGc > 1:2174663/1‑150 (MQ=255) cATTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTgg > 2:838436/1‑150 (MQ=255) aTTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGt > 2:1753524/1‑150 (MQ=255) aTTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAAGGCGGACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGt > 2:1770532/1‑150 (MQ=255) gACAATGAGCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGTTCGAt > 2:34812/1‑150 (MQ=255) aCAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACCGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATa < 1:1770532/150‑1 (MQ=255) aaGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGACGGTGCTGGTCGATAcc > 2:2316207/1‑150 (MQ=255) cccGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAg < 1:1753524/150‑1 (MQ=255) ccGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAgg > 2:1407170/1‑150 (MQ=255) ccGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAgg < 2:1080998/150‑1 (MQ=255) caGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGcc < 1:239074/114‑1 (MQ=255) caGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGcc > 2:239074/1‑114 (MQ=255) caGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCAc < 2:319284/150‑1 (MQ=255) tAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCATGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCgg > 1:1738970/1‑113 (MQ=255) tAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCgg < 2:1738970/113‑1 (MQ=255) tAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACtgt > 1:221008/1‑150 (MQ=255) aTCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCa < 1:1048210/138‑1 (MQ=255) aTCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGccc < 1:2193789/150‑1 (MQ=255) tCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTgtgt > 2:1747350/1‑143 (MQ=255) tCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTgtgt < 1:1747350/143‑1 (MQ=255) ggAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCt > 1:855490/1‑150 (MQ=255) acacGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGa < 2:865695/117‑1 (MQ=255) acacGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGa > 1:865695/1‑117 (MQ=255) acacGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGACGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGc > 1:658589/1‑150 (MQ=255) cacGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGcc < 1:155967/150‑1 (MQ=255) 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ccTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACtgt < 1:519418/60‑1 (MQ=255) cTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTAt < 1:1368248/150‑1 (MQ=255) cTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTAt < 2:115182/150‑1 (MQ=255) cTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTc > 1:457707/1‑150 (MQ=255) tGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAggg > 1:1394556/1‑40 (MQ=255) tGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAggg < 2:1394556/40‑1 (MQ=255) tGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCa > 2:1808793/1‑150 (MQ=255) gCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCActgc < 2:2046555/118‑1 (MQ=255) gCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCActgc > 1:2046555/1‑118 (MQ=255) gCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCAc < 1:768932/115‑1 (MQ=255) gCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCAc > 2:768932/1‑115 (MQ=255) accagCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCActgctg > 1:2390817/5‑119 (MQ=255) ccagCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTAt > 1:2021004/4‑142 (MQ=255) ccagCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTAt < 2:2021004/139‑1 (MQ=255) cACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGccc > 2:1584407/1‑150 (MQ=255) cACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGccc > 2:1254750/1‑150 (MQ=255) gCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTa < 1:2081632/118‑1 (MQ=255) gCACCGGCAGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTa > 2:2081632/1‑118 (MQ=255) tGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTgcagc < 2:1288207/90‑1 (MQ=255) tGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTgcagc > 1:1288207/1‑90 (MQ=255) ccGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGCCCCGGCTATTAc < 2:484957/150‑1 (MQ=255) ccGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGCCCCGGCTATTAc < 2:855490/150‑1 (MQ=255) ccGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGCCCCGGCTATTAc > 2:864593/1‑150 (MQ=255) | GGAACCATTCGACAAGGATCCCGCCATGTACAACAGTAAGCCGCATCAGGAACACGACCTCACCCGCTTGCACCAGCACATGCTAGACACCCGCCTGGCCGTTCTGGTCAGCCAGGGCGAACAGGGCCTTCTGGCCACGCACCTGCCGGTGCTGGTCGATACCGCCGAGGGCGATTTCGGCACTGTGTATGCCCACCTGGCCCGGGCCAACCGCCAATGGCAAGACCTGCAGCACGGCGGCGAAGCACTGCTGGTATTCCCCGGCGCCGATGCCTATGTCAGCCCCGGCTATTAC > NC_002947/6091607‑6091901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |